1) Синтезировать из вещества (в принципе любого) наквадах, это вопрос энергии. Энергию, Судьба берёт от звёзды, как думаете, слабо было Древним создать свою Звёздную Кузницу (кто смотрел Звёздные Войны или играл в Котор, поймёт)??? Поставили фабрику по синтезу наквадаха в короне звезды, сделали с 10 кораблей для сбора ресурсов и вперёд.
2) Запустили корабли установщики, на них поставили грузовые врата и через них из кузницы перекидываются обычные врата в корабли сеятели. Затраты на переброску, компенсируются от звезды, и не надо плодить МНТ в огромных количествах. То есть, рапортует Сеятель о планете в зелёной зоне (терминология из астрономии), тоесть основные физические константы планеты, подходят под земные, кислородно - азотная атмосфера, наличие воды на планете. На Сеятель перебрасываются врата с Кузни, он проводит сейсмографию и ставит их в неактивной зоне. Всё, рапорт о установке врат, с такими то координатами уходит в штаб Древних.
3) Наборные устройства, на неисследованных планетах ставить не стоит. Для начала, прилетели на разведку в новые врата, на джампере (у него свой наборник, если помните) проверили планету и только потом, принимать решение о наборном устройстве. Как пример, зачем наборное устройство, на планете где всё подходит для землян, а вот растения токсичны для нашей физиологии? Когда оно добавляется, врата включаются в СЕТЬ, а пока идёт тероформирование, нет нужды в дисках, у команд рабочих будут свои. Простая мера предосторожности от несчастных случаев.

Всё, система автоматизирована, роль Судьбы в таком процессе правда сложно представить, но можно предположить, что у Судьбы просто сбилась программа. Возможно изначально, корабль имел другие задачи и не должен был удаляться на ТАКОЕ расстояние. Или это был ПЕРВЫЙ экспериментальный корабль, со сверх световым двигателем, препологающий НАЛИЧИЕ ЭКИПАЖА. Древние просто не знали, чего можно ожидать от этого режима и просто посещали его набегами, готовя опыты перед перелётом. Потом наверное, планировалось и экипаж посадить, но что то помешало завершить эксперимент (рейфы или гоаулды, или репликаторы, не суть), а возвращать корабль было поздно, далеко улетел, вот и забросили его.

З.Ы. Готов принять аргументы против и за

Пока ты писал ответ, я успел подкорректировать свой. Ну да не суть. Идея такова, что корабль использовался для изучения влияния сверхсвета на живые организмы. Для исследования новых врат, его отправлять нерационально, ибо вряд ли его силовые ёмкости, способны накопить достаточный потенциал, для пробоя тоннеля. Тут нужна энергия на порядки выше. Либо, как вариант, он не должен был так далеко отрываться от Млечного пути.
Если допустить, что Древние запустили программу Сеятель, по автоматизированной расстановке Звёздных Врат на планетах, пригодных к жизни, а потом в результате войн/смены приоритетов/вознесения, забыли о ней, а программа автоматически продолжает действовать, то миссия Судьбы не могла заключаться в исследовании врат, слишком долго и не умно.
На месте Древних, я бы поступил так:
Расставить врата в Млечном пути; собрать Кузницу (фабрику способную работать в фотосфере звезды), перелететь в соседнюю галактику, поближе к ядру; начать "рассеивания" Врат по галактике; после расстановки, отправиться в ещё не "засеянную" галактику; повторить цикл.
Либо создать несколько Кузниц и задать им чёткую диаграмму "рассеивания", что бы не произошло взаимо пересечения. В обоих случаях, в Судьбе как в корабле исследователе миров, смысла нет.

То есть, по-твоему, врата создаются подобно тому, как действует преобразователь материи асгардов? Энергия превращается в нужное вещество, и объект создаётся на основе компьютерной модели?

Ну в принципе, конечно, возможно, но я бы всё равно не отправил корабль штамповать врата и расставлять их в полностью автоматическом режиме )

Провидение дало нам такую землю, такой народ и такую Родину, что даже против нас будет весь мир, мы всё равно ВЫСТОИМ - © Аркадий Мамонтов.
Я Русский Оккупант