Прошёл год после победы отряда полковника О'Нилла над ложным богом Ра. Проект "Звёздные врата" приостановлен, генерал Вест покинул базу, Джек снова ушёл в отставку. База пустовала, и солдаты в ангаре коротали время за игрой в карты. В один прекрасный день Звёздные врата вновь задрожали, портал открылся на глазах опешивших караульных, и на базу вошла целая гвардия в доспехах со шлемами в виде головы кобры. Их возглавлял человек в золотых доспехах, глаза которого светились тем же зловещим светом, что и у бога Ра...

После того, как новые группы ЗВ-1 и ЗВ-2, возглавляемые полковником О'Ниллом и майором Кавальским, унесли-таки ноги с опасной планеты Чулак, гоаулды некоторое время пытались атаковать базу Звёздные врат. Всё новые и новые атакующие так и барабанили в диафрагму, и генералу Хэммонду каждый раз приходилось приказывать запустить систему самоуничтожения. А пока все дожидались, когда гоаулды поймут, что диафрагму им не пробить, и начинались споры о том, что делать с воином Тилком, который помог им бежать с Чулака, змея, с удивительным проворством забравшаяся в шею майора Кавальского в конце предыдущей серии, дала о себе знать...

Окончательно сформированная группа ЗВ-1 в лице полковника О'Нилла, капитана Саманты Картер, доктора Джексона, которому так же пришлось вернуться домой уже в первой серии, и Тилка, окончательно решившего присоединиться к ЗВ-1 для борьбы с ложными богами за свободу своего народа, отправилась в первую экспедицию на планету Симарка, населённую потомками монголов. Женщины там были совершенно бесправны, и капитан Картер бросила вызов этим устоям.

После экспедиции на Землю Света и столкновения с первобытными людьми в тёмной части планеты члены групп ЗВ-1 и ЗВ-3 и сами стали превращаться в таковых. Оказалось, что это вирус, который начал заражать и остальных сотрудников базы. Только Тилка надёжно защищал симбионт, а Дениел оказался защищён лекарством от аллергии...

Первый отряд отправился на поиски ЗВ-9, не вернувшейся с очередной экспедиции. Оказалось, что их командир Джонас Хансон после радушного приёма от местных жителей, провозгласил себя Богом. Опьянев от власти, Хансон начал безжалостно убивать всех инакомыслящих.

На очередной планете Джека поразил разумный кристалл, который принял облик Джека и захотел помочь в личном горе полковника - гибели сына Чарли. Пока Джек лежал без сознания на этой планете, ничего не подозревающие друзья вернулись на Землю с его двойником. Но энергия кристалла оказалась опасно нестабильной. А вернувшийся спустя некоторое время Джек был вынужден объяснить двойнику, что тот не сможет исправить то, что произошло у полковника.

Министр обороны во время визита на базу Звёздных врат заметил, что работа проекта идёт не совсем так, как того хотелось бы. Президент и правительство ждут каких-то новых технологий, поэтому Тилк предложил сходить на одну из планет, где, по его словам, обитали существа, способные становиться невидимыми. Поймать одного из них друзьям не удалось, зато с поляны на вершине холма исчезли Звёздные врата вместе с наборным устройством. Вдобавок оказалось, что здесь Апофис, который, видимо, явился за тем же. Потерпев неудачу в попытках поймать невидимое существо, друзья решили попытаться взять Апофиса.

В очередной экспедиции группа ЗВ-1 очутилась на планете Аргос, где жители живут всего 100 дней. Красавица Кинтия соблазнила Джека и заразила его нанитами - наномашинами, от которых Джек начал стареть с угрожающей быстротой. Именно эти наниты и были причиной столь низкой продолжительности жизни обитателей планеты. Перед друзьями встала очередная задача большой трудности - что делать с быстро стареющим полковником.

Дениел Джексон прочитал в скандинавских мифах легенды о боге грома и молнии Торе, который был могучим и справедливым воином, и защищал викингов от врагов - Ётунов, которые боялись его страшного Молота, и доктор Джексон предположил, что Тор может быть представителем расы, чьи технологии превосходят технологии гоаулдов, если именно их викинги называли Ётунами. Тилк вспомнил о планете Киммерия. Гоаулдам и Джаффа строжайше запрещено являться туда под страхом смерти. И всё же друзья решили сходить туда, не подозревая, что опасность ждёт Тилка у самых Звёздных врат.

Доктор Джексон получил из Пентагона архивные материалы об исследованиях Звёздных вратах, из которых узнал, что Пентагон начал исследования намного раньше, чем думали. Более того, в 1945 году профессору Ленгфорду и молодому учёному Эрнесту Литтлфилду, который был так же молод и полон страсти, как Дениел, удалось открыть Звёздные врата! И Эрнест даже рискнул войти в эту удивительную дверь, но не вернулся назад. Дениел явился за подробностями к старой знакомой Кэтрин Ленгфорд, которая была невестой Эрнеста. По видеозаписи удалось восстановить координаты, по которым ушёл Эрнест, и друзья вместе с Кетрин отправились на его поиски.

Тилк вспомнил о своём сыне Раеке, оставленном на Чулаке. Настало время для церемонии Примта, т.е. Раек станет Джаффа. Тилк не хотел, чтобы это случилось, и настоял на визите на Чулак со своими друзьями, пообещав попутно добыть личинку гоаулда для изучения. Около уничтоженного за предательство дома Тилка друзья встретили его учителя Братака - величайшего мастера Джаффа, который был предшественником Тилка. Но они опоздали - жрец уже обратил Раека в Джаффа, а Тилк в схватке с ним убил симбионта, которого жрец собирался имплантировать. А зря - Раек болел чем-то похожим на скарлатину, и симбионт был единственным шансом помочь ему...

Группа ЗВ-1 вернулась из экспедиции раньше времени, промокшая до нитки, в состоянии шока... и без доктора Джексона. Друзья были совершенно уверены, что Дениел погиб в огне. На самом же деле Дениела на этой планете кто-то забрал в жилище под водой, так как он был знаком с культурой Вавилона, и этот кто-то сыграл злую шутку с памятью друзей Дениела.

В Мексике во время раскопок пирамиды майя группа учёных обнаружила саркофаг гоаулдов, в котором лежала богиня Хатор, которую они случайно выпустили на свободу. Хатор добралась до базы Звёздных врат, прикрываясь тем, что она противник гоаулдов. На самом же деле она захотела править планетой, и она владела каким-то неизестным веществом, испускаемым с дыханием. Это вещество делает разум максимально податливым, в результате чего вся мужская часть базы довольно быстро покорилась королеве, задумавшей превратить их в своих воинов. Спасти базу могла только женская половина базы вместе с Тилком, на которого эта волшебная аэрозоль не действовала.

Отправившись на планету Ханка наблюдать чёрную дыру, Первый отряд обнаружил, что все жители планеты мертвы, как и группа ЗВ-7, ожидавшая ЗВ-1. Выжила только одна маленькая девочка по имени Кассандра, которую Дениел и Сэм забрали с собой на Землю. А на базе выяснилось, что Кассандра - это "троянский конь". В её сердце имплантировано устройство на основе наквадаха, которое притягивает калий. Его соединение с наквадахом вызовет страшный ядерный взрыв, который будет способен уничтожить базу вместе со Звёздными вратами. И состояться он должен, как только Кассандра снова пройдёт через Звёздные врата.

Группа ЗВ-1 прибыла на планету Картаго, где один из местных жителей Ханно узнал в нём первого воина Апофиза, который убил его отца. Тилка арестовали, и, по местным обычаям, он должен пройти через суд Кор-ай. Ханно был твёрдо уверен, что должен казнить Тилка, поэтому Джек и Сэм отправились домой, надеясь найти поддержку у генерала Хаммонда и забрать Тилка силой, а Дэниел остался на Картаго, продолжая попытки переубедить Ханно миром. Несмотря на то, что дискуссии ни к чему не привели, Ханно переубедили сами гоаулды, когда отряд Джаффа во главе с воином Шаклом нанёс очередной визит на Картаго и практически застал всех врасплох.

На планете Толлан группа ЗВ-1 спасла несколько людей, погибающих от вулканической катастрофы. Они представляли высокоразвитую цивилизацию, но делиться своими знаниями и технологиями отказались: однажды они уже сделали это, и те, с кем они поделились, использовали их для войны. Видимо, тоже самое должно было произойти и на Земле, потому что из агентства информации был прислан полковник Мейборн, чтобы забрать толланцев. Друзья были вынуждены использовать Дениела и некоторые технологии толланцев, чтобы вызвать на Землю ноксов, дабы те забрали толланцев в свой мир. .

Спешное возвращение группы ЗВ-1 из очередной экспедиции привело к перегрузке Звёздных врат, вероятно, вызванной поражением энергетическим оружием гоаулдов. Дениел и Тилк во весь опор вылетели на пандус ангара, после чего Звёздные врата захлопнулись к ужасу Тилка и генерала Хэммонда. А Джек и Сэм вместо базы очутились в какой-то неведомой ледяной пещере. Выход из неё был, но там вокруг простиралась ледяная пустыня, насколько мог объять глаз. А все попытки набрать координаты Земли были безуспешными, и пока капитан Картер тщетно пыталась наладить наборное устройство, доктор Джексон после неудачных попыток определить, куда исчезли друзья, понял, в чём дело.

Забавный инопланетянин Харлан, обитатель планеты Альтаир, лишил сознания группу ЗВ-1, явившуюсь к нему в гости. Придя в себя и так не добившись от него ответа, зачем он на них напал, и потеряв надежду услышать от него хоть какие-то разумные ответы, друзья решительно покинули планету, не заботясь о своей одежде и снаряжении, которые Харлан тоже не пожелал отдать. А очутившись на базе, друзья обнаружили, что они уже вовсе не люди!

На планете, цивилизация которой была уничтожена гоаулдами, доктор Джексон обнаружил загадочное зеркало. Когда он прикоснулся рукой к его поверхности, через его тело прошла какая-то световая волна. Дэниел решил забрать его с собой и собрался попросить друзей помочь унести его, но те куда-то исчезли. Дениел, ничего не подозревая, отправился домой, где его ждал очень неприятный сюрприз - оказалось, что его никто не знает, его друзья явно не на своих местах, а Земля уже атакована Апофисом!

Как раз, когда доктор Джексон, едва унёсший ноги с альтернативной Земли, вернувшись в наш мир, стал настаивать на том, чтобы проверить координаты, которые могут быть местонахождением военной базы гоаулдов, если они собираются напасть и в нашей реальности, на базу Звёздных врат прибыл сенатор Кинси - начальник комитета по ассигнованиям. Программа Звёздных врат стоила очень дорого, и Кинси надоело выбрасывать деньги на ветер, поэтому он был намерен закрыть проект "Звёздные врата"...

Несмотря на отчаянное сопротивление генерала Хэммонда и ЗВ-1 проект "Звёздные врата" по требованию сенатора Кинси начали сворачивать. Но доктор Джексон, оставшись в одиночестве со своими друзьями, настоял на том, чтобы проверить координаты, полученные им в альтернативной реальности. Воспользовавшись отсутствием персонала, Первый отряд собрал снаряжение и бежал через Звёздные врата по координатам Дениела. И друзья действительно очутились на штурмовом корабле-пирамиде гоаулдов, который, спустя некоторое время, отправился в полёт прежде чем друзья успели сообразить, где находятся, и направился к Земле с явным намерением уничтожить наш мир...