Наниты представляют собой продукт нанотехнологий, микроскопические машины, которые могут проникать в тело человека и выполнять различные задачи.

Впервые с нанитами Первый отряд столкнулся на Аргосе, где гоаулд Пелопс когда-то использовал их для ускорения жизни людей, что сократило её продолжительность до 100 дней и помогало изучать развитие человека. Полковник О'Нилл был заражён этими нанитами и состарился в течение нескольких недель. Однако процесс удалось остановить и обратить, когда выяснилось, что ими управляет устройство в статуе Пелопса. Когда статуя была разрушена, наниты были уничтожены иммунной системой Джека, и организм постепенно вернулся в нормальное состояние.

Народ Орбана пользовался нанитами для обучения. Они изготавливались из триниума, кремния и неизвестного материала. Знания получали дети, называемые уронами, у которых изымались наниты и передавались взрослым орбанианцам вместе с полученными знаниями. Однако процесс удаления превращал детей в ментальных инвалидов. Ввести наниты вновь было невозможно, и дети доставлялись в безопасное помещение, где о них хорошо заботились, но не предпринимали усилий по их воспитанию. Но знания о земной системе обучения, полученные девочкой Мерин, помогли орбанианцам начать процесс обучения детей по "старинке".

Наниты содержались также внутри андроида Рис, которая с их помощью создала первое поколение репликаторов. Когда репликаторы, с которыми воевали асгарды, нашли Рис, они модернизировали свои блоки с помощью нанитов, освоив человекообразную форму и усовершенствовав способности принимать любую форму. Наниты также помогли им обрести устойчивость к огнестрельному оружию Таури. С их помощью репликаторы могли свободно проникать в мозг человека, условно засовывая руку в его голову и погружая его в виртуальную реальность, управляемую репликатором. Аналогично на основе нанитов были устроены репликаторы-асуране в Пегасе. Это самое широкое использование наномашин, которые в том числе спасли Элизабет Вейр от смерти, когда она после удара луча репликаторов в центральную башню Атлантиды получила тяжёлую черепно-мозговую травму, с которой доктор Келлер не могла справиться, и повреждённые ткани были компенсированы нанитами, оставшимися после первой встречи с асуранами и специально активированными доктором МакКеем. Это дало Элизабет некоторые способности репликаторов.