Майор ВВС Соединенных Штатов Америки, одаренный пилот с пестрым прошлым, который командует главной исследовательской командой земной базы на Атлантиде. Он отправился в галактику Пегас в составе экспедиции на Атлантиду под руководством доктора Элизабет Вейр. После смерти полковника Маршалла Самнера от рук рейфов Джон стал старшим офицером военного контингента. Майор руководил главной командой, которая исследовала другие миры, проходя через врата.

Шеппард проходил службу на базе МакМердо – возможно, это была черная метка в его послужном списке – ему подходила тишина и покой Антарктики. Он должен был доставить генерала Джека О’Нилла на аванпост Древних для осмотра обнаруженных технологий. Здесь он выяснил, что обладает необычным геном, который управляет Древними технологиями. И в отличие от остальных, кто имеет такой ген, Джону не составляет никакого труда им воспользоваться. Вейр уговорила О’Нилла позволить Шеппарду войти в состав команды, несмотря на то, что в Афганистане он ослушался приказа и отправился спасать двух своих сослуживцев.

По прибытию в галактику Пегас Шеппард отправился на планету Атос с заданием найти дополнительный МНТ для восстановления энергии в затонувшем городе Атлантиде. Он познакомился с атозианцами и их лидером, Тейлой Эммаган. Он узнал об опасности нападения рейфов, расы однажды уже победившей Древних, на его глазах произошел сбор, попали в плен Тейла и Самнер, его командующий офицер. Шеппард вернулся в Атлантиду с оставшимися атозианцами и организовал спасательную операцию. Операция прошла удачно, но в процессе Шеппард разбудил всю расу рейфов, убив их Хранительницу.

Джон оказался старшим офицером из всего военного контингента и стал вторым после Вейр командиром экспедиции. Год спустя его повысили до подполковника, и он официально стал главнокомандующим военного контингента Атлантиды. Когда доктор Вейр попала к репликаторам, Джон был в списке претендентов на должность руководителя городом, но к счастью, командование досталось полковнику Саманте Картер.

Шеппарду нравятся чертово колесо, футбол и «все, что движется со скоростью больше 200 миль в час». Он любит слушать Джонни Кэша, добрый и щедрый, и не боится высказывать свое мнения, если конечный результат принесет пользу его команде. Очень мало известно о его прошлой жизни, в свое время он был женат.