Объединённый флот нашей галактики в финале предыдущего сезона потерпел сокрушительное поражение в битве с кораблями орай. Были уничтожены большая часть кораблей Свободных Джаффа, а так же "Королёв", на котором перед последним ударом плазмопушек подполковник Кэмерон Митчелл отчаянно рвался в ангар 302-х. Подполковник Картер продолжала летать в космосе, и со временем, когда Митчелл, всё-таки успевший убежать с Королёва, сел в ангар уцелевшего Одиссея, Сэм удалось подобрать. А корабли орай между тем включили гипердвигатели и один за другим скрылись в гиперпространстве. На одном из них была Вала, которая родила дочку. Её тут же забрал приор, заявив, что она станет лидером армии орай.

Пока миры Млечного пути один за другим терпели поражения, не находя ничего, что можно противопоставить мощи армии орай, Дэниел продолжал поиски Святого Грааля, который был единственной надеждой нашей галактики. В одной из книг Камелота доктор Джексон нашёл упоминание о планете Вагонбрей, на которую отправился Мерлин за Святым Граалем, и нашёл её координаты. Артефакта там друзья не нашли, зато попали в настоящее сонное царство: жители, похоже, уснули и больше никогда не проснулись. Эта болезнь начала охватывать и ЗВ-1, и её с большим трудом удалось победить. Тем не менее, Дэниел определил, что следы артефакта следует искать в базе данных Атлантиса. Между тем Вала, которую Крестовый поход невольно вновь привёл на базу Звёздных врат, должна была доказать, что заслуживает того, чтобы стать членом ЗВ-1, ибо генерал Лендри перед данной экспедицией весьма строго заявил: "Я сказал, идёт ЗВ-1! Вы никуда не идёте!"

Изыскания предыдущей серии позволили, наконец, Дэниелу осуществить свою давнюю мечту, чему прежде дважды помешала Вала: совершить полёт в Затерянный город Древних! Единственное, о чём сожалел доктор Джексон, с восхищением созерцая через окно Одиссея возвышающиеся над водой башни Атлантиды и слушая приветствие Элизабет Вейр - это о том, что первая поездка проходит в немного жёстких условиях. Однако никто не имел ничего против того, чтобы Дэниел провёл в городе некоторое время и попробовал определить, где следует искать Святой Грааль. Остальным же предстояла другая миссия: Одиссей со Звёздными вратами должен был отправиться к ближайшей чёрной дыре, чтобы попытаться заблокировать суперврата Орай входящим туннелем из Пегаса. Для этого ответственного задания подполковник Джон Шеппард согласился отпустить своего подопечного - хорошо известного нам доктора Родни МакКея.

Оказалось, что поиском Святого Грааля заняты не только жители Земли. Пока Дэниел торчал в библиотеке Камелота, так как координаты Кастианы и Сагала, сообщённые Морганой, оказались тупиком, на Землю на алкеше прилетел набравшийся храбрости Баал, который утверждал, что он настоящий, а его клоны хотят его уничтожить. Более того, он уже знает, где найти оружие Мерлина. Ему нужно только поймать всех клонов. Коварному гоаулду решили и в этот раз довериться, и началась охота на Баалов. Однако все пойманные тоже говорили, что именно они настоящие. Бесконечные тесты и допросы не смогли ни выяснить ответ на этот вопрос, ни раскрыть очередной коварный план свергнутого властелина.

На мирных планетах начали появляться ужасные монстры, которых в этих мирах никогда не было. Вскрытие трупа одного из чудовищ показало, что это обыкновенные животные, но внутри них были какие-то пиявкоподобные существа, видимо, и вызывавшие такую страшную мутацию. И оказалось, что это существа из другого измерения, которое начал видеть Джонас Квинн в 6 сезоне. И проникновение в наше измерение вызвали украденные устройства маскировки Содана. А поскольку кража, скорее всего, была совершена агентами "Доверия", то монстры могут быть и на Земле, подтверждением чему стала поимка одного из агентов поблизости от лесной хижины, в которой отдыхали Лендри и Митчелл.

Мартин Ллойд, хорошо знакомый нам постановщик фантастического шоу "Галактический экстрим", опять стал искать помощи у командования Звёздных врат, когда по его шоу решили снять полнометражный фильм. Команда ЗВ-1 не в восторге от того, какими их изобразили в сценарии, и они желали побыстрее сбежать от надоедливого киношника, но в это время в Звездных Вратах что-то сломалось, и ЗВ-1 были вынуждены выслушивать безумные идеи не только Мартина, но и друг друга.

Группа ЗВ-1 проникла под видом местных жителей на одну из планет, порабощенных Орай, куда как раз явилась Адрия, чтобы приветствовать новых последователей. Неожиданно на Одиссее с орбиты планеты заметили  подозрительное излучение, исходящее от Звёздных врат, и Первый отряд был немедленно телепортирован на борт. Когда друзья вернулись на поверхность, они не обнаружили там ни людей, ни приоров, ни Орисай – только одежда осталась на тех местах, где совсем недавно стояли люди. Похоже, что-то уничтожило всю органическую жизнь на планете. Учитывая, что источником проблемы были врата, подозрения сразу же пали на оружие Древних на Дакаре - и действительно это новый лидер Свободных Джаффа решил использовать его для борьбы с Орай.

Проголодавшаяся Вала зашла перекусить в ближайшую забегаловку. Однако когда владелец потребовал оплатить счет, оказалось, что Вала не помнит совершенно ничего до те пор, когда она вошла в забегаловку. Чтобы расплатиться, ей приходится остаться работать официанткой, пока она не вспомнит свое прошлое. Тем временем ЗВ-1 изо всех сил пытаются найти пропавшую Валу. Постепенно она начинает вспоминать, что была в плену у некой Афины, которая использовала устройство памяти, чтобы извлечь какую-то информацию из прошлого Валы.

Подполковник Картер на борту Одиссея отправилась исследовать подозрительные энергетические показания: по сведениям Джаффа, орай где-то построили новые суперврата. Однако такие показания создавало минное поле - это оказалась ловушка, и Одиссей был захвачен группировкой бандитов Люсианского союза. Дело было в том, что многие были не согласны с лидерством главы Люсианского союза Нетана после неудачной битвы с орай, и он, чтобы избавиться от одного из своих помощников, дал ему задание захватить Одиссей, но надеялся на провал операции.

Используя координаты Кастианы, Сагала и Вагонбрея, друзья, наконец, сумели вновь выйти на след Святого Грааля. И в этот раз, когда цель уже казалась близкой, поиск стали вести уже не только ЗВ-1, но и Баал и Адрия. Дочь Валы ждала их здесь, прикидываясь старым библиотекарем Озриком, а Баал сперва опередил друзей на несколько дней, но его сообразительности и смекалки, чтобы пройти настоящее подобие компьютерной игры в поиске артефакта, не хватило. Поиск напоминал компьютерную игру, потому что на пути к цели, традиционно, было множество испытаний и загадок.

После победы над голографическим драконом, для которой надо было произнести имя феи Морганы на языке Древних, искатели продолжили поход за Святым Граалем. Артефакт они так и не нашли, зато нашли самого Мерлина, лежащего в стазисе. Пещера оказалась его лабораторией, которая, к тому же, начала телепортироваться по разным планетам вместе с её посетителями, исключая Адрию, которая, тем не менее, используя свои знания о Звёздных вратах, начала погоню за исчезнувшими. Мерлин же, пролежавший в стазисе очень долго, уже не мог помочь друзьям, поэтому он загрузил свою память в хранилище, после чего и умер. Всё, что было нужно Дэниелу для создания Грааля, находилось в этом устройстве. Им доктор Джексон и воспользовался.

После неудачи в поисках Святого Грааля было решено пойти другим путём, и подполковник Картер приступила к модификации устройства Мерлина для перемещения в другое измерение. Когда работа была закончена, друзья отправились на одну из планет, которая отказывалась поклоняться ораям, дабы использовать устройство для скрытия жителей в другом измерении. Но оказалось, что для перемещения такого количества людей нужно много энергии. Наквадах-реакторов достаточно, но малейшее колебание питания приводит к срабатыванию защитного механизма, и все скрывшиеся вернутся в нормальное измерение. И у Сэм катастрофически не хватало времени для стабилизации питания, так как воины Орай уже явились на планету.

Когда подполковник Картер заперлась в своей лаборатории, чтобы продолжить модификацию устройства Мерлина, после активации устройства неожиданно произошёл несильный взрыв, и Сэм оказалась на полу. Придя в себя, она увидела доктора Ли, вбежавшего в лабораторию, который почему-то назвал её майором. А после этого в лаборатории появился... майор Лорн! Несмотря на то, что он должен быть на Атлантиде, Лорн понятия не имел, что имеет в виду Сэм, ведь на самом деле он работает на базе и командует ЗВ-1. И Сэм поняла, что оказалась в параллельной мире, где международная обстановка, связанная со Звёздными вратами, была не такой, как в нашей реальности. И в этой реальности Орай уже пытаются атаковать Землю.

Группа ЗВ-1 отправилась на очередную разведку на планету, где побывал приор Орай, который не говорил ни о каких карах за отказ принять Происхождение. Этим приором неожиданно оказался... доктор Джексон, который попал в плен к Адрии после окончания поиска Святого Грааля. Он дожидался, когда друзья заберут его. Когда Дэниел был телепортирован на Одиссей, и от него на всякий случай защитились антиприорным устройством, оказалось, что он сумел войти в доверие к Орисай, и она даже позволила ему закончить создание Святого Грааля. И Дэниел знает, как запустить его и отправить в галактику Орай. Но доверие к доктору Джексону подрывало то, что он приор, и то, что для отправки артефакта в галактику Орай он просил разблокировать суперврата!

После очередной успешной операции по уничтожению транспорта, перевозившего наркотики Люсианского союза, группа ЗВ-1 получила возможность отдохнуть, и друзья разошлись по своим делам. И вскоре поняли, что им угрожает опасность, когда заметили, что за каждым из них кто-то охотится. Это лидер Люсианского союза Нетан потерял терпение после очередной диверсии на перевозке наркотика, так как постоянные набеги подрывали его авторитет, и объявил вознаграждение за головы членов ЗВ-1.

Изучив информацию, когда-то собранную Афиной, доктор Джексон определил адрес планеты, где может находиться хранилище знаний Древних. Но, появившись на этой планете, друзья очутились в музее, в холле которого проходила какая-то вечеринка. Друзья засобирались домой, сообразив, что здесь живёт довольно развитая цивилизация, но оказалось, что наборное устройство - всего лишь музейный экспонат! Дождаться же связи с генералом Лендри не удалось: нашлась пара людей, которые заметили гостей и приняли их за мятежников, которые хотят взять всех в заложники...

Тилк прибыл на встречу представителей коалиций Джаффа, чтобы обсудить создание нового Совета. Посередине выступления Братака он вдруг решил покинуть палатку и проследить за неким Джаффа со шрамом. В это время раздался взрыв, поднявший на воздух не только палатку, где проходила встреча, но и ближайшие окрестности. Тилк и даже сам Братак остались в живых только чудом. Едва Тилк поднялся на ноги, он сразу отправился на поиски виновника. Джаффа подозревали Аркада - воина, который принял Происхождение и собирался стать новым лидером Свободных Джаффа, чтобы повести их по этому пути. Более того, он был наиболее вероятным убийцей матери Тилка, просто у того раньше не было возможности отомстить.

На базу Звёздынх врат стал настойчиво стучаться суетливый мужчина лет 50, который утверждал, что после смерти Аркада план по уничтожению Земли остался в силе, и он знает, где находятся корабли с наквадахом. За эту информацию он просил убежище на Земле. Этим мужчиной оказался Джейсек - отец Валы. Поэтому та была категорически против того, чтобы идти на сделку с ним: он совершенно бесчестный человек, живущий от аферы к афере, а между ними только и ищет место, где спрятаться. Однако генерал Лендри согласился выслушать его.

Во время очередной встречи Валы с Адрией выяснилось, что Вале снятся какие-то сны о табличке Древних, которая так интересовала Афину. В нём 6 символов были соединены символом бесконечности, что показалось всем очередной уловкой Орисай по заманиванию ЗВ-1 в ловушку. Но оказалось, что Адрия не имеет никакого отношения к этим снам, поэтому она с матерью, которая уже бежала с базы Звёздных врат посредством устройства маскировки Содана, отправилась проверить последний увиденный адрес. Но, попав на эту планету, обе попали в двойную ловушку: сначала из встретила группа ЗВ-1, надеясь взять Адрию в плен, но оказалось, что здесь их так же поджидает Баал, который по-прежнему умудрялся находить воинов для своей армии. Он каким-то образом узнал об этой операции, поэтому Адрия оказалась в плену не у ЗВ-1, а у Баала.

По приглашению асгардов Одиссей, возглавляемый лично генералом Лендри, с Первым отрядом на борту, освершил межгалактическое путешествие на Ориллу. По прибытии гостей Тор с группой асгардов телепортировался на корабль и сделал шокирующее заявление: асгарды намерены установить на Одиссей часть своих последних разработок и прочую технику, а так же передать нашему миру все свои знания! Бедные серенькие человечки так и не смогли справиться с проблемой генетического вырождения и были уже не в силах остановить своё вымирание. Поэтому они намерены взорвать Ориллу вместе со всеми обитателями, оставив все свои неповторимые знания Пятой расе галактики в качестве своего интеллектуального завещания. Едва Тор и его собратья успели закончить дело и попрощаться со своими лучшими друзьями, как из гиперпространства выскочили неизвестно каким образом отследившие Одиссей корабли Орай. После взрыва Ориллы лодки не оставили экипажу Одиссея выбора, кроме как воспользоваться новыми плазменными лучевыми пушками - одной из последних разработок асгардов.