На одной из примитивных планет Млечного пути местные жители увидели яркую вспышку света - на земле очутился обнажённый мужчина, который не помнил, кто он, и как сюда попал. Это был некто иной, как... доктор Дэниел Джексон! А спустя некоторое время за ним явились его друзья: Джонас Квинн, изучая каменную табличку с Абидоса, по странному стечению обстоятельсвт посчитал, что следы Затерянного города можно найти на этой планете. Друзья были очень поражены, когда нашли там вместо этого своего друга. Хотя Ома Десала, видимо, заблокировала его память, прежде чем Дэниелу было возвращено его физическое тело, он согласился вернуться домой, где и начал всё вспоминать. Но отмечать возвращение друзья не торопились и приступили к реализации плана по заманиванию Анубиса в западню.

Супероружие флагмана Анубиса было уничтожено, но массированная атака была сорвана недееспособностью Ю и пленением Джонаса Квинна, который вместе с Дэниелом пробрался на корабль для диверсии. Анубис, используя своё устройство зондирования мозга, прочитал информацию о наквадрии и устремился в родной мир Джонаса. Наквадрией он завладел, но использовать нестабильный изотоп не смог, к тому же неудачная попытка восстановить своё оружие лишь привела к побегу Дэниела и Джонаса. Пока Анубис требовал от жителей Келоуны кристалл с информацией об исследованиях наквадрии, друзья пытались найти этот кристалл. А Тилк и первый воин Ю сумели уговорить Баала возглавить объединённый флот лордов Системы и отправиться на Келоуну.

На базе Звёздных врат появился незнакомый подросток в одежде Джека и с его личной карточкой, и уверявший, что он и есть полковник О'Нилл. Он помнил всё, что знал Джек, и всё говорило о том, что это он, кроме его вида. Не желая верить, что этот подрросток может быть Джеком, хотя настоящий Джек исчез, друзья даже обращались к историям о похищениях людей инопланетянами, и оказалось, что так оно и есть на самом деле, когда на базу явился Джейкоб и установил, что подросток - клон Джека! Дело было в том, что на земной орбите прятался корабль хитроумного асгарда Локи, который работал над проблемой генетического вырождения своей расы, исследуя генетический материал телепортируемых на корабль людей, которых он на неделю заменял клонами, а потом возвращал настоящих обратно. И в определённый момент Локи решил исследовать генетический материал самого Джека О'Нилла... 

В очередной экспедиции Тилк был серьёзно ранен, когда заряд плазмы поразил уже пустую сумку симбионта, и Тилк едва не погиб. После этого у него начались душевные расстройства, так как он считал, что слабеет и становится ни на что не годным. Пока Дэниел поддерживал его, у самого доктора Джексона начали странные видения, в которых он видел Братака и Раека. Сразу сказать, что это, он не мог, а когда стало ясно, что это воспоминания после вознесения, группа ЗВ-1 начала готовиться к спасательной операции: это было воспоминание о том, как Братак и Раек попали в плен к гоаулдам. Дэниел видел это, когда ещё был вознесён. Пленники на каторжных работах, и у них заканчиваются запасы третонина...