В одну из тихих и спокойных ночей ангар Звёздных врат на глазах сержанта Харримана и его напарника, когда те собирались пить кофе, озарил яркий свет, и Звёздные врата унеслись через потолок. Когда подполковник Картер изучила видеозапись камеры постоянного наблюдения, оказалось, что один из техников недавно что-то установил на портал, что, скорее всего, было маячком для телепорта асгардов. Пока Тилк, который и в этот раз оказался вне Земли - на встрече с мятежными Джаффа - вместе с сотрудниками базы Альфа начал находить в мирах гоаулдов следы атаки отравляющим газом для симбионтов, разработанным Токра в 5 сезоне, остальные вычислили, что похищение Звёздных врат как раз для использования ракет с отравляющим газом - дело рук членов "Доверия", которые завладели устройством Осириса, которым тот пользовался для телепортации во время своей последней миссии на Земле, и теперь скрывались на его Алкеше, который с тех пор в гордом одиночестве кружил вокруг планеты...

На базу Звёздных врат после установки входящего туннеля пришёл старый опознавательный сигнал подполковника Картер, которая в то время была на базе. И была получена просьба послать зонд. Друзья выполнили её, и увидели в камеру зонда двойника Сэм. Это была РеплиКартер - репликатор, созданный Пятым в конце 2-й серии. И РеплиКартер сообщила, что она обладает памятью подполковника Картер и хочет, чтобы друзья помогли ей умереть, намекая на созданный генералом О'Ниллом разрыватель. Друзья были немного удивлены столь необычным сообщением, и Джек после некоторых раздумий разрешил встретиться с РеплиКартер, но только на базе Альфа. 

Асгарды завершили установку на Прометей нового межгалактического гипердвигателя, поэтому в связи с тем, что от экспедиции Атлантиса, отправленной в Затерянный город, не поступает никаких вестей, было решено отправиться в Пегас на Прометее. Корабль возглавил генерал Хаммонд, который, вопреки желанию Джека, забрал с собой доктора Джексона - его знания языка Древних всё-таки были очень нужны. Однако в пути экипаж получил сигнал бедствия, который оказался весьма дерзкой ловушкой, в результате которой корабль был угнан космической воровкой по имени Вала. Хулиганка, используя броню суперсолдата, на удивление легко управилась со всеми, кроме Дэниела, и почему-то так же легко сумела разобраться, как управлять кораблём.

Когда война между лордами Системы была в самом разгаре, и те повсеместно отступали к своим мирам, стало известно, что гоаулд Арес намерен вернуться на одну из своих старых планет, которая в 6 сезоне стала пристанищем бывшего полковника агенства информации Гарри Мейборна. Когда друзья отправились предупредить об этом отшельника, оказалось, что он действительно неплохо устроился в этом мире - хорошо быть... Королём! А стал он им, благодаря найденным около шахт наквадаха руинам с письменами Древних. Он научился их читать, и оказалось, что на них история этого мира, причём написано и будушее, которое рассказывает о возвращении угнетателей, от которых спасут люди из другого мира. И Мейборн был уверен, что эти люди - ЗВ-1. Дэниел сделал вывод, что Древние всё-таки освоили путешествия во времени, и доказательством тому стал обнаруженный в лесной чаще Прыгун, на котором и находилось устройство, которое предполагалось машиной времени.