Многие герои сериала оказались на перепутье. Доктор Джексон оказался полувознесённым в залитом светом кафе Древних перед Омой Десалой, и ему предстояло решить, возноситься ли второй раз? Джек начал отношения с агентом ЦРУ Кэрри Джонсон, Пит Шенахан показал Сэм новый дом, в котором собирался жить с ней, однако, Саманта, крайне расстроенная ещё и неожиданной кончиной отца: Джейкоб уже 2 недели скрывал, что Сэлмак умирает - поняла, что не готова выйти за него замуж. И даже Ома Десала оказалась перед выбором: Анубис намерен сам завладеть оружием на Дакаре и уничтожить жизнь в галактике, а Ома не может использовать свою силу, чтобы остановить его. Свободные Джаффа же вместе с командованием базы Звёздных врат знают о замысле Анубиса, но не готовы уничтожить символ их победы... 

Заканчивалась постройка нового космического корабля нового класса, названного именем героя мифов Древней Греции - "Дедал". На нём и планировалось всё-таки отправиться на Атлантиду, так как экспедиция Затерянного города очень нуждалась в этом. Вместе с этим произошло ещё одно печальное событие: скончалась одна из главных основателей проекта "Звёздные врата" Кетрин Ленгфорд, завещав всю свою библиотеку доктору Джексону. Исследуя её, Дэниел нашёл свидетельство об использовании в культе Ра некоего артефакта, который с виду очень напоминал МНТ. Однако со спутника обнаружить его в Гизе не удалось, поэтому Дэниел предложил использовать машину времени, найденную на планете Мейборна, чтобы отправиться в прошлое. Завладеть артефактом друзьям удалось, но воины Ра обнаружили Прыгун, а друзья посчитали, что лучше не выдавать своё присутствие и не пытаться отбить его. Оставили только видеопослание для себя и друзей в будущем, которое они, как и следовало ожидать, сильно изменили. 

Странное послание из прошлого, тем не менее, помогло в альтернативном будущем найти вторые Звёздные врата и даже послать в первую экспедицию на Чулак пока не всё понимающих друзей, и те даже смогли повторить привлечение на свою сторону Тилка, используя полученное послание из прошлого. Апофис вынудил их отправиться в прошлое, чтобы исправить положение, хотя, удирая от гвардии Апофиса, друзья растеряли всех военных, включая майора Кавальского и Дэниела, которым завладел сам Апофис. Тем не менее, встретив в Древнем Египте доктора Джексона из старой реальности, им удалось исправить положение и помешать Ра забрать с собой Звёздные врата и модуль нулевой точки, восстановив нормальный ход событий в будущем, в котором друзья вернулись на свои места и завладели МНТ, который был очень нужен экспедиции Атлантиса, в преддверии путешествия Дедала.