Полковник Мейкпис, возвращаясь с очередной разведки, доложил генералу Хаммонду, что ЗВ-1 в плену у Хатор. Тилк разыскал Братака на Чулаке и собрался набирать воинов, чтобы выручать своих друзей, а Хатор собралась сделать носителем гоаулда Джека. Хаммонду в связи с мощной охраной базы Хатор не разрешили послать на спасение большие силы, поэтому командир, найдя Тилка и Братака на Чулаке, собственноручно отправился вытаскивать своих подопечных.

На базу Звёздных врат прибыл Джейкоб/Сэлмак с новым заданием для ЗВ-1: разыскать одного из гоаулдов по имени Сет, на которого охотились и лорды Системы, и Ток'Ра. А на Землю Джейкоб явился, потому что, по сведениям Ток'Ра, Сет не покинул Землю после ухода гоаулдов и, скорее всего, продолжает скрываться среди людей. Отыскав в США секту лидера по имени Сет Фарго, Джейкоб с ЗВ-1 отправился на охоту за прятавшимся гоаулдом.

Во время торжественной церемонии присвоения капитану Картер звания майора ВВС США полковника О'Нилла забрал на орбиту Земли верховный главнокомандующий флотом асгардов Тор, с которым друзья уже познакомились на Киммерии. Тор передал, что лордам Системы стало известно о гибели Хатор, поэтому они намерены устранить угрозу в лице жителей Таури и готовят совместное нападение. И единственное, чем может помочь Тор - посредничество в переговорах с 3 лордами Системы на базе Звёздных врат, в которых Кронос, Ниррти и Ю потребовали закрытие всех земных Звёздных врат.

Группа ЗВ-1 обнаружила в запертой изнутри комнате тела гоаулдов, которые, вероятно, были ещё одной небольшой группой сопротивления. Рассматривая один из найденных в комнате артефактов, доктор Джексон подхватил жучка, который был изобретением старого Мачелло. Этот жучок был предназначен для убийства гоаулдов. Но друзья обнаружили его только после того, как Дениел, замученный галлюцинациями, оказался в психиатрической больнице, а жучок перешёл в Тилка во время физического контакта с Дениелом.

Группа ЗВ-1 работала на планете Орбан, обмениваясь знаниями с жителями этой планеты. Оказалось, что дети орбанианцев накапливают знания в памяти, а затем передают их остальному населению планеты с помощью нанитов. Но сами при этом теряют память и умирают как личности, что не понравилось полковнику О'Ниллу, который, однако, сумел найти хорошее решение проблемы.

В зоне 51 оказались двойники майора Картер и майора Кавальского, явившиеся из альтернативной реальности через квантовое зеркало, которым когда-то в конце 1 сезона воспользовался Дениел. В их реальности Земля уже была захвачена Апофисом, но существование в одной реальности двух Самант не представлялось возможным. Поэтому доктор Джексон предложил помочь альтернативной Земле: Саманты должны были заставить работать генератор, собранный Джеком в "Пятой расе", после чего отправиться в альтернативную реальность, дабы доктор Картер смогла отправиться в мир асгардов и позвать их на помощь.

Разведывательная операция ЗВ-1 превратилась в погоню за беглым гоаулдом после того, как друзья попали в плен к космическому охотнику Арису Боку. Пообещав пленникам взамен свободу, Арис Бок заставил их присоединиться к погоне за беглецом, которым на самом деле оказался Ток'Ра.

На одной из планет Первый отряд нашёл средневековую деревню, в которой освободил привязанную к столбу молодую женщину. Местный монах объяснил, что она предназначалась в жертву демону, который уже много лет досаждает деревне. Каноник выбрал её, потому что ошибочно принял её болезнь за одержимость дьяволом.

Отправившись в очередную экспедицию, Первый отряд неожиданно очутился в центре сражения между совсем юными людьми в форме ЗВ-отрядов и отрядами Джаффа. Друзья хотели помочь им и выяснить, кто это, но загадочные бойцы, похоже, незваным гостям не были рады...

Группа ЗВ-1 по просьбе Касуфа о помощи проводила спасательную операцию, вытаскивая жителей Абидоса из рук гоаулдов. Во время боя Дениел заметил, что около близлежащего шатра бой наблюдает Шаре/Амонет. Дэниел, которому Касуф уже сказал, что враги забрали сына Шаре, с помощью Тилка устранил охранявших Амонет воинов и бросился за ней в шатёр. Но Амонет не напугал пистолет Дэниела, и она, пользуясь неуверенностью противника, воспользовалась ленточным устройством. По прошествии некоторого времени, когда Дениел уже ронял пистолет, в палатку вбежал Тилк...

Группа ЗВ-1 очутилась на планете, жители которой страдают массовой амнезией. Они не могли объяснить исчезновение стариков и детей, а начало своей истории вели от события под названием Ворликс. Утрачена не только память о прошлом, но и знания и технологии. Нарушена преемственность поколений, и планета на грани вымирания.

На Землю прибыл гоаулд Ток'Ра Мартуф с плохой новостью - Джейкоб/Сэлмак попал в плен к Сокару, который в ближайшее время собирается сокрушить Системных лордов. Отец капитана Картер находится на Нету - спутнике одной из планет Сокара, напоминающем преисподнюю. Убежать оттуда сумел толькол один узник - Джолинар. Поэтому Мартуф предложил воспользоваться стимулятором памяти, чтобы майор Картер вспомнила, как Джолинар это сделал, и отправиться на спасательную операцию.

Оказавшись в плену у старого врага Апофиса, восставшего из мёртвых, Мартуф и ЗВ-1, исключая Тилка, подверглись жестоким пыткам, в ходе которых Апофис пытался выбить из них нужную информацию. Тилк же вернулся на Вораш и доложил Ток'Ра о том, что произошло, и информацию о Сокаре. Ток'Ра приняли решение покончить с Сокаром посредством взрыва Нету, когда Сокар отправится к спутнику, чтобы разобраться с Апофисом.

Как только Первый отряд, возвращавшийся из очередной экспедиции, очутился на базе Звёздных врат, друзей сразу проводили в лазарет под предлогом утечки химикатов. Доктор Фрейзер зачем-то ввела всем снотворное, но для Тилка с его симбионтом и майора Картер, которой Джолинар оставил повышенную сопротивляемость снотворному, доза оказалась слишком маленькой. Тилк, придя в себя, с изумлением увидел, как генерал Хэммонд и доктор Фрейзер как ни в чём не бывало разговаривают с двумя незнакомыми существами, что заставило Тилка действовать...

На Землю вернулся житель Толлана Нарим - когда-то его и его людей ЗВ-1 спасли от вулканической катастрофы. Нарим рассказал, что на их планете потерпел крушение глайдер гоаулда Клорела - сына Апофиса. Поэтому группа ЗВ-1 приглашается на Триаду - судебный процесс, в котором Скаара судится с Клорелом по поводу своего тела. Пока Джек с Дениелом работали защитниками Скаары, а лорд Зипакна - защитником Клорела, Сэм с Тилком, наблюдая за воинами Зипакны, заподозрили, что гоаулды используют Триаду в качестве прикрытия, а на самом деле готовятся к атаке.

Отправившись через Звёздные врата в очередную экспедицию на планету, напоминающую рай, Первый отряд почему-то вновь оказался на базе Звёздных врат. Более того, генерал Хэммонд, стоявший у пандуса, сказал, что они отсутствовали 15 часов. Пока сотрудники базы повторно занимались снимками райской планеты, друзья заметили, что на базе появился загадочный гость, которого, кроме них, никто не видит и не слышит.

Жители небольшой деревни на планете Эдора с тревогой ожидали метеоритного дождя, регулярно повторяющегося на планете. Дениел по слоям почвы вычислил, что разрушительная сила дождя постоянно растёт. Чувствуя нарастающую опасность, Джек принял решение эвакуировать жителей планеты. Не все жители делали то, что надо, поэтому Джеку пришлось задержаться и переждать окончания дождя в пещере. Остальные между тем переправились на Землю, после чего в Звёздные врата врезался огромный метеорит...

После того, как толланцы на очередных переговорах так и не согласились поделиться своими технологиями, Джек решил взять то, что нам нужно, сам. И, на глазах друзей, снял со стены прибор, которым толланцы обезвреживали чужое оружие и забрал с собой на Землю. Когда это привело к скандалу и разрыву дипломатических отношений с Толланом, Джек был отправлен в отставку. Спустя неделю, к нему обратился полковник Мейборн с предложением примкнуть к отряду наёмников, ворующих внеземные технологии и работавших на внеземной базе.

На планете, куда отправился Первый отряд, существование Звёздных врат стало причиной войны между двумя культурами. Сторонники одной считали врата порталом в иной мир, а другой - готовы на всё, чтобы доказать обратное. С их агрессией и столкнулись друзья, когда явились в этот мир.

На Землю в очередной раз прибыл мастер Братак, чтобы снова сообщить о том, что Апофис по-прежнему жив. Более того, он продолжает поиски харсисиса и близок к цели. Дениелу тем не менее удалось найти координаты мистической планеты Кеб, где по легендам Осирис прятался от Сета, куда Амонет отправила мальчика. Поэтому друзья вместе с Братаком отправились на эту планету, чтобы найти мальчика раньше, чем до него доберётся Апофис.

На очередной планете зонд сфотографировал пещеру, напоминающую пирамиду майя. Дениел сказал, что её стоит исследовать, потому что посреди пещеры находился алтарь, на котором лежал хрустальный череп. Точно такой же, как череп из Белиза, который нашёл в 1971 дед доктора Джексона Николас Баллард. 

В связи с аппендицитом доктора Джексона друзья получили отпуск. Собираясь на рыбалку, Джек отправился к выходу с базы и, на глазах майора Картер, снова телепортировался на корабль Тора. На этот раз Тор прилетел с другим известием: его корабль оказался наводнён сотнями металлических пауков, представляющих собой искусственные компьютерные организмы. Это были репликаторы - враги асгардов. Билискнер был захвачен ими, и они прочитали из бортового компьютера информацию о нашей планете и направили корабль к Земле.