Пока корабль, возглавляемый Клорелом, быстро приближался к Земле, группа ЗВ-1 решила использовать принесённые запасы пластида, чтобы взорвать его. Однако пока Джек раздумывал, что сказать перед смертью, Тилк заметил, что рядом следует ещё один хатак, который, очевидно, принадлежит Апофизу. Так как он тоже располагал всем необходимым для нападения, нужно было что-то сделать с ним. Но план друзья придумать не успели, так как их снова атаковали воины Клорела, и вся команда оказалась в плену. Но, к счастью, гвардию Клорела возглавлял нужный друзьям воин.

Группа ЗВ-1 спасала от нападения гоаулдов жителей планеты Назия. Когда капитан Картер оказывала помощь одному из раненых, оказалось, что он гоаулд, и симбионт завладел её телом прежде, чем Сэм успела что-то сообразить. Гоаулд, как обычно, скрыл своё присутствие по возвращении на базу, и пытался тайком уйти во время следующей отправки ЗВ-1, но ещё раньше ему пришлось навестить Кассандру, у которой ещё оставались следы наквадаха в крови, что позволило ей узнать эту тайну. Однако, этот гоаулд, несмотря на попытку бежать со своим новым телом, оказался не совсем таким, каким друзья привыкли видеть.

Во время экспедиции на вполне обычную планету к ЗВ-1 подбежал человек и взмолился о помощи. Друзья взяли его с собой, после чего быстро узнали, что помогают убийце. Их взяли в плен неизвестные жители талдоры, которые приговорили друзей к пожизненному заключению в тюрьме Хаданте - на планете, где Звёздные врата находятся в пещере без наборного устройства. И в этой тюрьме правят жестокость и грубая сила.

Группа ЗВ-1 отправилась на планету, представляющую собой цветущий сад. В этом саду находились камеры, в которых спали люди. Друзья заглянули в пустые камеры и тут же оказались схвачены какими-то устройствами и потеряли сознание. А после этого оказались заперты в виртуальных реальностях, представляющих собой одни из наиболее неприятных моментов их прошлого.

На планете P3R-636 Дениел спас от смерти принцессу Шилу, дочь вождя этого мира. Местные жители добывали наквадах в шахтах. За спасение принцессы Дениел получил в пользование саркофаг гоаулдов, а друзей отправили в рудники. И вскоре друзьям стало ясно, что саркофаг оказывает очень вредное действие на разум того, кто пользуется им постоянно: пациент становится жестоким и высокомерным, как гоаулд. Именно это и стало происходить с Дениелом, которого принцесса Шила постоянно подстрекала полечиться в саркофаге. В конце концов, Дениел бросил друзей в рудниках на произвол судьбы.

Друзья получили послание с планеты Киммерия, где находится Молот Тора, но вовсе не о том, что Тор готов встретиться с ними лично. Напротив, хозяйка поселения Гаэрвин со слезами на глазах просила о помощи: пришли Ётуны! И, очевидно, это было следствием того, что друзья сломали Молот Тора и сделали планету беззащитной перед гоаулдами. Поэтому все члены ЗВ-1 настояли на том, чтобы вернуться на Киммерию и исправить свою ошибку, даже если для этого придётся самим искать Тора.

На безжизненной планете Таллак группа ЗВ-1 нашла шарообразный артефакт с большим количеством инопланетного текста, который излучал энергию, и друзья подумали, что это капсула времени. Однако, во время исследования шар неожиданно начал активность, и стало ясно, что друзья ошибались. Джек с Тилком попытались вернуть шар назад, но он не дал им сделать этого: прямо в ангаре из него выдвинулись длинные шесты с острыми наконечниками, которыми шар прочно вцепился в стены ангара, попутно пригвоздив к стене полковника. И вскоре удалось выяснить, что это целый инопланетный организм.

На базу Звёздных врат прибыл мастер Братак с шокирующим известием: Апофиз жив! Видимо, ему удалось бежать с корабля перед взрывом. Он появился на Чулаке и похитил Раека. Друзья бросились за ним. Раека они нашли, равно как и узнали, что жена Тилка Дрей'ок стала супругой его друга, вот только Апофис, похоже, "промыл мозги" сыну, поэтому Раек совсем не был рад видеть отца...

Прошёл ровно год с тех пор, как доктор Джексон был вынужден покинуть Абидос и вернуться на Землю, приказав жителям завалить Звёздные врата камнями. Настало время вернуться, пусть и без Шарэ, но чтобы сказать Касуфу, что не сдались. Дениел с Тилком отправились на Абидос, а Джек и Сэм - на церемонию награждения медалями. Всех ждали сюрпризы. Дениел обнаружил, что Шарэ уже около года живёт на Абидосе и она ждёт ребёнка от Апофиса, который хочет сделать мальчика своим новым носителем. А Джека разыскал журналист Арман Селлик, которому было известно о программе Звёздных врат....

Первый отряд в экспедиции на планету, где, по-видимому, жила цивилизация, схожая с земной, ждал крайне неприятный сюрприз - там оказались целые тучи насекомых, напоминающих огромных стрекоз. Одно из них укусило Тилка, что привело к тому, что генетический материал организма Тилка начал преобразовываться под ДНК насекомого, и остановить процесс не удавалось даже его симбионту...

Когда генерал Джейкоб Картер оказался уже на грани смерти от рака, капитан Картер прочитала из оставшейся у неё памяти Джолинара координаты планеты, где можно найти гоаулдов Ток'Ра, о которых говорил Джолинар. Друзья отправились туда и действительно нашли там тех, кого искали. Однако предложение альянса Ток'Ра отклонили и были вынуждены не отпускать гостей, пока не перейдут на другую планету, и даже вопреки тому, что за капитаном Картер явилась группа ЗВ-3, чтобы забрать её к отцу.

Размышляя о спорах с Ток'Ра и умирающем генерале Картере, друзья поняли, что Джейкоб может стать тем, кто нужен Ток'Ра - новым носителем для умирающего Ток'Ра Сэлмака! Ток'Ра согласились отпустить Джека и Сэм за генералом Картером, которому Сэм рассказала и показала, наконец, чем в действительности занимается. А по возвращении на базу Ток'Ра выяснилось, что гоаулды узнали их местонахождение и спешат атаковать.

Группа ЗВ-11 обнаружила на планете PXY-887 уникальное вещество триниум, которое в сотни раз прочнее стали и даже легче. Когда командование базы Звёздных врат собралось получить большие запасы триниума, группа ЗВ-11 пропала, а вместо неё через Звёздные врата прилетела стрела от жителей планеты, которые были потомками индейцев, и ранила Джека в плечо. Этим жители хотели покзать, что духи, которые их оберегают, разгневаны жадностью гостей с Земли.

Группа ЗВ-1 отправилась на планету Мадрона, где месяц назад нашла удивительный артефакт, называемый Пробным камнем, благодаря которому жители планеты могут влиять на её климат, лишь щёлкнув пальцами. Но когда путники явились на Мадрону для детального изучения артефакта, они заметили, что на планете нарастает буря, а причиной этому стало исчезновение Пробного камня, который вождь Мадроны потребовал немедленно вернуть. Оказалось, что Пробный камень был похищен два дня назад людьми в форме ЗВ-отрядов, которые пришли через Звёздные врата...

Доктор Джексон проанализировал фотографии зонда с планеты P3R-272. На полу замкнутой комнаты была надпись, опоясывающая круг, и её символы совпадали с теми, что друзья нашли на планете Эрнеста Литллфилда. Друзья отправились на эту планету и обнаружили там на стене устройство, в которое заглянул Джек, что привело к тому, что в его мозг загрузилось огромное количество знаний инопланетной расы. Полковник начал говорить на инопланетном языке, похожем на латынь, и совершать действия, цель которых была непонятна даже ему самому.

Группа ЗВ-10 попала на планету P3W-451, которую поглощала недавно образовавшаяся чёрная дыра, и группа не могла вернуться домой из-за сильного замедления времени, на которое Звёздные врата не рассчитаны. А когда с базы установили туннель для связи с ЗВ-10, оказалось, что врата закрыть невозможно, так как врата получают энергию извне, что поддерживает туннель бесконечно. Гравитационное поле чёрной дыры стало распространяться на Землю, и на базе тоже началось замедление времени...

Очередная экспедиция привела Первый отряд в небольшой зал, где друзья нашли спящего престарелого изобретателя Мачелло, который создал средства для борьбы с гоаулдами. Когда Дениел убедил Мачелло, что они не гоаулды, старик согласился показать им свои "машины для борьбы с гоаулдами". И пригласил Дениела встать к рукоятке одного из устройств, а сам взялся за противоположную рукоятку. После этого Мачелло потерял сознание, и друзья забрали его с собой на базу, где оказалось, что машина совершила обмен телами.

Группа ЗВ-1 отправилась на песчаную планету PB5-926 после получения сигнала, который посчитали за сигнал Ток'Ра. А на самом деле их звал старый "друг" Апофис, который пытался скрыться от нового жестокого гоаулда Сокара и почему-то стал искать убежища не где-нибудь, а на Земле. Он был тяжело ранен, и наша медицина была бессильна помочь ему, поэтому Апофис предложил свои знания в обмен на нового носителя.

Во время обычной разведки разбился беспилотник и врезался в неизвестное растение. Первый отряд отправился на поиски беспилотника и столкнулся с примитивными существами, которых вскоре после прибытия начала охватывать неизвестная болезнь...

На базу через Звёздые врата явился едва здоровый мальчик со своей матерью, которая представляла расу Риту, обладающую технологией невидимости. Они рассказали, что гоаулды разрушили их планету, и повстанцы Риту решили уничтожить людей, чтобы лишить гоаулдов потенциальных носителей. То, что люди населяют сотни и тысячи планет по всей галактике, их не особенно смущало, поэтому мальчик и его мать явились предупредить командование о возможности проникновения террористов Риту на базу.

Отправившись в очередную экспедицию, Первый отряд неожиданно вновь оказался внутри Шайенской горы. Через несколько мгновений Звёздные врата растаяли вместе с пандусом, и друзья очутились под хвостом ракеты, готовящейся к запуску. Тилк с помощью Z-пушки сумел остановить запуск, но вскоре друзья были взяты в плен солдатами. Оказалось, что они попали в 1969 год из-за воздействия солнечной вспышки на гипертуннель.

Полковник О'Нилл очнулся в криогенной камере, после чего с ужасом узнал от неких генерала Трофского и доктора Ролли, что все члены его команды мертвы, а сейчас 2077 год. Трофский и доктор Ролли начали использовать специальную технологию стимулятора памяти, чтобы помочь полковнику вспомнить прошлое и предположить, кто мог таким образом спасти его от гоаулдов. Но вскоре оказалось, что по крайней мере Дениел и Сэм тоже лежат в криогенных контейнерах, а находятся они все на базе гоаулдов, переделанной под базу Звёздных врат. Не было только Тилка.