На одной из примитивных планет Млечного пути местные жители увидели яркую вспышку света - на земле очутился обнажённый мужчина, который не помнил, кто он, и как сюда попал. Это был некто иной, как... доктор Дэниел Джексон! А спустя некоторое время за ним явились его друзья: Джонас Квинн, изучая каменную табличку с Абидоса, по странному стечению обстоятельсвт посчитал, что следы Затерянного города можно найти на этой планете. Друзья были очень поражены, когда нашли там вместо этого своего друга. Хотя Ома Десала, видимо, заблокировала его память, прежде чем Дэниелу было возвращено его физическое тело, он согласился вернуться домой, где и начал всё вспоминать. Но отмечать возвращение друзья не торопились и приступили к реализации плана по заманиванию Анубиса в западню.

Супероружие флагмана Анубиса было уничтожено, но массированная атака была сорвана недееспособностью Ю и пленением Джонаса Квинна, который вместе с Дэниелом пробрался на корабль для диверсии. Анубис, используя своё устройство зондирования мозга, прочитал информацию о наквадрии и устремился в родной мир Джонаса. Наквадрией он завладел, но использовать нестабильный изотоп не смог, к тому же неудачная попытка восстановить своё оружие лишь привела к побегу Дэниела и Джонаса. Пока Анубис требовал от жителей Келоуны кристалл с информацией об исследованиях наквадрии, друзья пытались найти этот кристалл. А Тилк и первый воин Ю сумели уговорить Баала возглавить объединённый флот лордов Системы и отправиться на Келоуну.

На базе Звёздных врат появился незнакомый подросток в одежде Джека и с его личной карточкой, и уверявший, что он и есть полковник О'Нилл. Он помнил всё, что знал Джек, и всё говорило о том, что это он, кроме его вида. Не желая верить, что этот подрросток может быть Джеком, хотя настоящий Джек исчез, друзья даже обращались к историям о похищениях людей инопланетянами, и оказалось, что так оно и есть на самом деле, когда на базу явился Джейкоб и установил, что подросток - клон Джека! Дело было в том, что на земной орбите прятался корабль хитроумного асгарда Локи, который работал над проблемой генетического вырождения своей расы, исследуя генетический материал телепортируемых на корабль людей, которых он на неделю заменял клонами, а потом возвращал настоящих обратно. И в определённый момент Локи решил исследовать генетический материал самого Джека О'Нилла...

В очередной экспедиции Тилк был серьёзно ранен, когда заряд плазмы поразил уже пустую сумку симбионта, и Тилк едва не погиб. После этого у него начались душевные расстройства, так как он считал, что слабеет и становится ни на что не годным. Пока Дэниел поддерживал его, у самого доктора Джексона начали странные видения, в которых он видел Братака и Раека. Сразу сказать, что это, он не мог, а когда стало ясно, что это воспоминания после вознесения, группа ЗВ-1 начала готовиться к спасательной операции: это было воспоминание о том, как Братак и Раек попали в плен к гоаулдам. Дэниел видел это, когда ещё был вознесён. Пленники на каторжных работах, и у них заканчиваются запасы третонина...

Оазис жизни на умирающей планете оказался оазисом смерти. От сильно токсичной атмосферы людей защищал хрупкий энергетический купол, которым управлял компьютер. Жители городка гостеприимны и дружелюбны, их разумом интегрирован с вычислительной системой, поддерживающей купол, но ЗВ-1 стали свидетелями странного явления - каждый день кто-нибудь исчезает, а остальные обитатели таинственным образом забывают о его существовании

Разбившийся корабль превратился в смертельную ловушку, как для его обитателей, лежащих в криогенной заморозке, так и для Дэниела Джексона, в которого вселились энергетические сущности людей, чьи криогенные контейнеры разбились при аварии. Доктор Джексон - их единственное спасение, но его мозг, в котором оказалось целых 12 чужих сознаний, долго не выдержит нашествия непрошенных гостей.

На планете, населенной Унасами, найдены огромные залежи наквадаха. Шахта оказалась рядом с историческим захоронением унасов, но военные, несмотря на предупреждение Дэниела, не пожелали покинуть богатое месторождение. Конфликт перерос в смертельное столкновение, и Дениел, чтобы покончить с кровопролитием и избежать новых смертей, пригласил своего знакомого унаса – Чаку - принять участие в мирных переговорах.

Тюремщик Воррик с планеты Гебридан, с которым познакомились в 618 серии, явился на базу Звёздных врат и предложил майору Картер поучаствовать в космических гонках в обмен на доступ к ионному двигателю его корабля Себруса. Главный приз гонок - прибыльный контракт с огромной корпорацией. Но гонки есть гонки! Даже в космических гонках есть свой тотализатор, свои фавориты и свои обманщики, пытающиеся подтасовать результаты, и корабль Воррика во время гонок начинают преследовать неудачи.

Доктору Фелджеру - чудаковатому учёному, спасавшему ЗВ-1 в 608 серии - пришла в голову идея: мешать гоаулдам использовать Звёздные врата посредством загрузки в наборное устройство вируса, который будет подменять правильные координаты ложными. В компании с майором Картер Фелджер написал вирус и загрузил его (на пробу!) в наборное устройство планеты P5S-117 - любимой планеты Баала. Но неожиданно вредоносная программа, к отчаянию горе-изобретателя, начала заражать одни Звездные Врата за другими, и Джек, Дэниел и еще двенадцать ЗВ-отрядов застряли на других планетах. А это было совсем некстати: Джеку и Тилку пришлось скрываться от отрядов Джаффа, а доктор Джексон как раз собирался переселять жителей планеты, страдающей от наводнения...

Группа ЗВ-1 нашла лагерь женщин Джаффа, бежавших от гоаулда Молоха. Чтобы выжить, им нужны симбионты, которых приходится добывать, нападая на отряды Джаффа, служащих другим гоаулдам. Но рано или поздно гоаулды обнаружат лагерь, и тогда его обитателей ждет смерть. Тилк предложил им покончить с нападениями и использовать вместо симбионтов третонин. Лидер женщин - Ишта - не была против этого, но не все её подопечные верили в то, о чём рассказывали гости.

Тилк и Братак явились на поле боя двух гоаулдов - Рамиуса и Тилгата - и заметили, что все воины с обеих сторон мертвы. Бежал только Рамиус. А сами друзья так же столкнулись с большой опасностью: на них напал воин в чёрных бронированных доспехах, на которого не действовали ни заряды плазмы, ни разряды Z-пушки. Если бы у него не остановилось сердце, Тилк и Братак непременно погибли бы. Он был создан искусственным путём, и расследование этого случая заставило доктора Джексона отправиться в Гондурас на поиски устройства Древних, которое майя называли "фонтаном жизни" - именно на его основе гоаулд Телчак когда-то создал саркофаг, и предполагалось, что таким устройством воспользовался Анубис. Остальные члены ЗВ-1 вместе с Джейкобом решили попытаться взять живого суперсолдата Анубиса.

Доктор Джексон и доктор Ли сумели найти "фонтан жизни", однако, попали в плен к гондурасским террористам, потребовавшим выкуп. Найденное устройство тоже их интересовало, и его даже удалось запустить, и оно стало действовать подобно саркофагу. Между тем Джейкоб и ЗВ-1, узнав от пленного суперсолдата, где находится лаборатория Анубиса, сумели туда проникнуть, когда Джейкоб использовал его костюм. Им удалось уничтожить только резервуар с королевой гоаулдов, создающей симбионтов для суперсолдат, а потом спасаться бегством. И они узнали, что Анубис уже располагает тысячами таких суперсолдат. Доктора Джексона и доктора Ли всё-таки удалось вытащить из плена вместе с "фонтаном жизни", который должен было помочь в разработке специального оружия против суперсолдат.

Прометей, наконец, отправился домой после продолжительной, но вынужденной стоянки на P3X-744. Когда корабль совершил выход из гиперпространства, он был атакован неизвестными врагами. Спасаясь от них, экипаж устремил корабль в сторону ближайшей туманности. В какой-то момент майор Картер, находившаяся на корабле, ударилась головой об стену и потеряла сознание. А очнувшись, заметила, что на корабле никого нет, и он застрял в этой туманности, которая начала разъедать обшивку корабля. Пока Сэм пыталась понять, что происходит, и куда исчез экипаж, ей начала являться маленькая девочка и её друзья, которые, как она считала, должны были быть на Земле. Поэтому Сэм не могла понять, что это - реальность, или игра воображения? И как отсюда выбраться?

Джонас Квинн вернулся на Землю за помощью: на его планете Лангара серьёзная проблема. Наквадах начал преобразовываться в нестабильную наквадрию. Оказалось, что гоаулды ничего не знали о ней, потому что её просто не существует. 3000 лет назад гоаулд Танос проводил эксперименты на Лангаре и запустил процесс преобразования наквадаха. В настоящее время процесс проник почти в сердце планеты, а из-за нестабильности наквадрии это все теперь напоминает жизнь на пороховой бочке. Вскоре взрыв уничтожит планету...

Пока майор Картер, встретив своего старого друга - молодого полицейского Пита Шенахана - впервые начала с кем-то строить серьёзные отношения, доктор Джексон начал видеть странные сны. В этих снах он видел свою первую подругу Сару, вспоминал отношения с ней. Всё было прекрасно, кроме одного: Сара почему-то предложила Дэниелу ту самую табличку с упоминанием о Затерянном городе и хотела, чтобы он её перевёл. Когда Дэниел рассказал об этом друзьям, в этих снах заподозрили участие Осириса. И верно - это дерзкий гоаулд прятался на земной орбите и пытался таким весьма необычным способом получить то, что нужно Анубису - местонахождение Затерянного города.

Один из суперсолдат Анубиса напал на базу Альфа, где Джейкоб и Сэм заканчивали разработку оружия против этих воинов. Майору Картер удалось сбежать с результатами исследований, и суперсолдат гнался за ней по пятам. Прибывшие остальные члены ЗВ-1 нашли Джейкоба, который, к счастью, тоже сумел спастись, и вернули его на Землю. А пока они сами шли по следам Сэм и преследовавшего её суперсолдата, между мятежными Джаффа, Токра и Таури, делившими эту планету, обострились разногласия. Командование базы не могло не заметить, что Анубис узнал о местонахождении базы Альфа и оружии, вероятно, от одного из её обитателей посредством своего устройства зондирования мозга. В свою очередь мятежным Джаффа надоело подчиняться командованию, а Токра считали, что Союз заставил их нести куда больше потерь, чем было раньше.

На базу явилась съёмочная группа, дабы снять документальный фильм о Звёздных вратах и тех, кто работает в программе. Далеко не все охотно согласились принять участие: желания превращаться в звёзд почти никто не имел, к тому же съёмочная группа мешала всем работать. Тем временем ЗВ-13 отправилась в экспедицию на планету P3X-666, на которой обнаружила развалины, которые предположительно принадлежали городу Древних. Пока они осматривали место, они наткнулись на летательный аппарат, который оказался зондом гоаулдов, и обстрелял их. Им удалось сбить его, обрушив на него стену при помощи гранатомёта. На базе доктору Джексону и майору Картер удалось прочитать информацию из зонда и узнать, что перед атакой ЗВ-13 он успел воспользоваться коммутатором и передать сведения тем, кто его прислал. Генерал Хэммонд связался с ЗВ-13, которые продолжали работать на планете, и потребовал немедленно вернуться на базу, но было уже поздно: группа была атакована гоаулдами. ЗВ-1, ЗВ-3 и ЗВ-5 с доктором Фрейзер отправились вытаскивать своих людей...

Атаковавших планету, где попала в беду группа ЗВ-13, оказалось куда больше, чем думали. Прибывшие на помощь начали отчаянную битву с отрядами Джаффа, глайдерами и бомбардировщиками гоаулдов за спасение своих людей. Бойцы оказались в затруднительном положении: силы гоаулдов превосходили их. Испытание новых бронежилетов, создание которых, чтобы хоть как-то смягчить поражающее действие зарядов плазмы, было окончено только в предыдущей серии, не заставило долго ждать. В страшной битве с гоаулдами Джек стал первым, кто испытал бронежилет на себе: энергетический заряд опрокинул его под отчаянный вопль майора Картер. Бойцы всё-таки сумели вернуться на Землю, но двое были тяжело ранены, один из них уже мёртв, и все были в смятении. Только лишь к концу серии, когда доктор Джексон согласился показать плёнку, на которую по воле случая снял гибель друга, выяснилось, что погиб не Джек... погибла доктор Дженнет Фрейзер...

С базы преступников из агентства информации поступил звонок в службу 911: почти все, кто там был, были убиты молодой девушкой. В живых остался только полусумасшедший учёный Кеффлер. Агент Баррет обратился за помощью к ЗВ-1 и с помощью Дениела, Сэм и Тилка (Джек ещё не выздоровел после ранения) выяснил, что девушка создана в лаборатории и ей передали генетическую память гоаулдов.

Прошло семь лет с тех пор, как начала работать программа Звёздных врат. И вот, наконец, наступила пора, когда у руля Соединённых Штатов встал новый президент. Его предвыборный штаб возглавлял сенатор Кинси. Новый президент, конечно, не знал ничего о Звёздных вратах, и генералу Мейнарду пришлось заново вводить его в курс дела сразу же по вступлении в должность. Кинси, на которого работал уже знакомый нам следователь Ричард Вулси из агенства информации, решил вновь попытаться завладеть Звёздными вратами, то есть сместить прежнее командование базы, включая, конечно, генерала Хэммонда и ЗВ-1. Началась борьба между генералом Мейнардом, защищавшим ЗВ-1, и сенатором Кинси, продолжавшим упорствовать. Однако Вулси продемонстрировал, что находится в здравом уме в отличие от сенатора, что и было использовано генералом Хаммондом, когда тот передал Вулси материалы, полученные в "Цепной реакции".

Сенатор Кинси всё-таки добился смещения генерала Хаммонда. Они с президентом заставили дипломата - доктора Элизабет Вейр - возглавить проект "Звёздные врата". А пока они замышляли всё это и давили на доктора Вейр, Дэниел сообщил друзьям о находке ЗВ-2 на одной из планет. Там было ещё одно хранилище знаний Древних, и друзья вместе с ЗВ-3 и ЗВ-5 отправились туда за ним - нахождение ещё одного такого устройства могло помочь снова получить знания Древних, так как устройство из "Пятой расы" уже давно не работало, видимо, энергия иссякла, когда Джек использовал его. Но друзья попали в ловушку, когда планету атаковал Анубис, и времени на то, чтобы попытаться снять устройство и отправить его на Землю, дабы получить из него информацию без загрузки в мозг, не осталось. Джек, чей мозг представлял наименьшую ценность, посчитал, что и на этот раз в архив должен заглянуть именно он.

Джек, используя знания Древних, сумел назвать планету, на которой, предположительно, находится Потерянный город - она называется Пракларуш Таонас, и это название одновременно её координаты. Но врата там уже не работали, и пришлось лететь на корабле. Элизабет Вейр не могла дать Прометей, так как явившийся в конце предыдущей серии Братак сообщил, что Анубис устремился к Земле и будет здесь через 3 дня. Тем не менее, удалось раздобыть на Чулаке Тел'так и отправиться на Таонас. На той безжизненной планете, чьё солнце превратилось в красного гиганта, друзья нашли аванпост Древних и сверхмощный источник энергии. А так же знания Древних в голове Джека подсказали, что Затерянный город называется Атлантида! Где он, Джек не мог сказать точно, но было ясно, что поиски надо продолжать на Земле подо льдами Антарктиды. И возвращаться быстрее, так как флот Анубиса уже окружил Землю...