Прошло 3 месяца после вознесения Дениела. Поиски нового члена ЗВ-1 были безуспешными: никто не мог заменить друзьям покинувшего их доктора Джексона. Полковник Чеков потребовал включить в ЗВ-1 русского, но Джек уверил, что это случится только через его труп, а полковник в свою очередь разозлился, что от него скрыли строительство летательного аппарата Х-302. Джонас Квинн по-прежнему на базе, и занялся изучением библиотеки Дениела. Тилк ушёл с Братаком через Звёздные врата: его жена Дрей'ок умирает. Пока все занимались своими делами, Звёздные врата вновь открылись для приёма гостей. Но никто не пытался войти, и не было зафиксировано никакого сигнала. Однако Звёздные врата продолжали удерживать туннель, и Сэм определила, что они... накапливают энергию. И если это не остановить, они взорвутся. Учитывая разрушительную силу минерала, последствия экологической катастрофы уничтожат жизнь на Земле.

После провала попытки отправиться на Абидос на Х-302, дабы оттуда искать асгардов, и такой же неудачной попытки закрыть врата, послав встречный сильный электромагнитный импульс, Джонас Квинн предложил отбросить неуправляемые Звёздные врата подальше от Земли. А пока друзьям пришлось спасаться самим, Тилк, Братак и Раек действовали по своему плану.

В Солнечной системе появился корабль-пирамида гоаулдов. Признаков жизни он не подавал. Осматривать его отправились Джейкоб, ЗВ-1, майор Девис и один из учёных. Это оказался корабль Осириса, на котором был в плену Тор. Там была запущена система самоуничтожения, но таймер замер. На борту нашлись всего несколько джаффа в глубоком келнориме, которые безуспешно пытались бежать на грузовом корабле Джейкоба: Тилк и Джонас были начеку. Но диверсанты позаботились о том, чтобы корабль стал падать на Землю.

Группа ученых уже 4 месяца работала в Антарктике, где были найдены вторые Звездные Врата, и обнаружила тело молодой девушки. К их огромному удивлению ткани быстро регенерировались, и вскоре женщина очнулась, но внезапно вся экспедиция, включая прибывших туда доктора Фрейзер и ЗВ-1 заразилась неизвестной болезнью. Только Тилка по-прежнему надёжно защищал гоаулд.

Звонок ученого, который когда-то работал на богача Адриана Конрада, заставил Сэм, Тилка и Джонаса отправиться в странный городок, жители которого по ночам страдают провалами в памяти. Потому что они - гоаулды, и по ночам строят космический корабль. Разбираться со странными гоаулдами, которые могли овладевать разумом носителей только когда те спят, пришлось не без участия агентства информации.

В 4 серии история в Антарктиде кончилась тем, что могущества девушки не хватило на Джека, и командование базы было вынуждено отдать его гоаулдам Ток'Ра, дабы Джек побыл носителем, пока симбионту Канону, который позаботится о здоровье полковника, не найдут другого носителя. И оказалось, что действительно Джеку не суждено было долго носить Канона. Они отправились во владения лорда Баала, дабы освободить его рабыню, к которой Канон испытывал тёплые чувства. Видимо, после слияния с разумом Джека, до Канона дошло то, что никак не могло дойти до остальных Ток'Ра: нельзя бездумно бросать в беде тех, кто тебе дорог! Но они очень быстро поняли, как рискованно пытаться осуществить план в одиночку, и, как и следовало ожидать, Джек попал в плен к Баалу. Канон почему-то предпочёл покинуть своего носителя. Баал же стал допрашивать Джека, применяя изощрённую систему пыток и спасая его разум в своём саркофаге.

Бывшие соотечественники Джонаса с планеты Келоуна возобновили переговоры с Землей. Искать помощи у землян заставил альянс двух враждебных народов. Среди делегации и бывший учитель Джонаса – доктор Киран, который в тайне от своих, попросил у ЗВ-1 помощь для движения Сопротивления. Но оказалось, что нет никакого движения Сопротивления, просто доктор Киран, долгое время работавший с наквадрией, страдает шизофренией...

Группа ЗВ-1, присматривающая за группой учёных, исследовавших на одной из заброшенных планет транспортные кольца телепорта, довольно легко попала в плен к гоаулду Хонсу, слуге Анубиса, когда их атаковал Ал-кеш - бомбардировщик гоаулдов. Учёные, которые показали себя не очень серьёзными людьми, решили проявить героизм и вытащить лучший ЗВ-отряд. Им удалось пробраться на корабль при помощи телепорта и добраться до пленников, только Джек смог отблагодарить разве что за идиотизм: это всё было подстроено, потому что Хонсу на самом деле Ток'Ра! Но спасателям всё же пришлось вытаскивать пленников, потому что Херак - преданный слуга Анубиса - раскрыл замысел, и ЗВ-1 попали в плен теперь уже по-настоящему...

Гоаулды Ток'Ра в очередной раз были вынуждены бежать со своей базы, преследуемые врагами. Так как нападение, как всегда, застало их врасплох, они были вынуждены бежать на базу Альфа, координаты которой были известны Джейкобу, замыкавшему колонну беглецов. С уходом им помогали ЗВ-1 с подкреплением с базы Звёздных врат и доктором Фрейзер, а также свободные джаффа во главе с Тилком и Братаком. Пока беженцы переводили дух, некоторые из джаффа и Ток'Ра сразу же неполадили друг с другом, Тилк с Братаком и Джейкоб/Сэлмак, возглавлявший, в свою очередь, Ток'Ра, с трудом удерживали свои "армии" от открытого столкновения. И тут какой-то неизвестный враг стал дерзко убивать присутствующих на базе.

Жители планеты Пангар, с которыми были установлены дипломатические отношения, владели лекарством от всех болезней. Этот удивительный препарат называется третонин! Проблема была только в том, что он вызывает зависимость, как наркотик. А получают они его из личинок гоаулдов. Пангарцы не пользовались Звёздными вратами, и сразу встал вопрос, где они взяли столько симбионтов? Те были вынуждены сознаться, что нашли... королеву гоаулдов! Она была очень стара, её тело слабело, и она умирала. Тилк с Джонасом расшифровали письмена в гробнице, где пангарцы нашли её. Оказалось, что Эдгерия была предательницейй гоаулдов, и сам Ра замуровал её здесь 2000 лет назад. Это было достаточно, чтобы Тилк понял, что она - прародительница Ток'Ра!

Информация о секретном проекте под названием "Прометей" попала в прессу, и Сэм с Джонасом в обмен на молчание были вынуждены показать Прометей съёмочной группе. А съёмочная группа оказалась террористами, которые захватили корабль. Это оказалось делом рук приспешников полковника Симонса, арестованного в 5 сезоне и гоаулда, с которым он работал. Арестантов привезли на корабль, и пришлось дать им улететь, иначе террористы взорвали бы гипердвигатели на основе наквадрии. Пока гоаулд на орбите налаживал гипердвигатели для гиперпрыжка, Джек и Тилк догнали Прометей на глайдере и сумели пробраться внутрь. Корабль удалось отвоевать, и, пока освобождённые думали, что делать, появился Тор на своём корабле: родной мир асгардов наводнён репликаторами, поэтому ему нужен Прометей и ЗВ-1 для помощи...

Тор рассказал, что, изучив андроида Рис, асгарды нашли команду, с помощью которой удалось созвать всех репликаторов на планету Хала, где асгарды оставили устройство замедления времени, что должно было дать им так необходимое время для того, чтобы найти способ покончить с насекомыми. Но, к сожалению, репликаторы завладели устройством раньше, чем оно включилось. Они изучили его и даже запустили ускорение времени. ЗВ-1 должны были исправить эту ошибку, а это было возможно, так как Прометей слишком примитивен, чтобы привлекать внимание репликаторов. Очутившись на планете, ЗВ-1 обнаружили третье поколение репликаторов, которые были подобны Рис, то есть уже имели форму не пауков, а людей...

Группа ЗВ-1 вернулась на Землю с неизвестным устройством Древних. Как только они очутились на базе, Джонас Квинн сразу начал видеть каких-то существ, с виду похожих на гигантских насекомых, которые проходят сквозь стены. Ему поверили только, когда остальные тоже начали их видеть. И это оказалось... заразным: все, кто имел с ними контакт, тоже начинали видеть насекомых. Те, судя по всему, были нематериальны, но они пугали всех своим видом, и нужно было срочно придумать, как это всё остановить: страшно даже подумать, что произойдёт, если насекомые будут пугать тех, кто занимается ответственной работой и отвечает за жизнь людей. Дело было в том приборе, который ЗВ-1 принесли с собой.

Сенатор Кинси на встрече с избирателями был застрелен профессиональным киллером. Все улики, от видеосъёмки до снайперской винтовки указывали, что им оказался Джек, который незадолго до этого уехал на рыбалку к себе домой в Миннесоту. Арестованный полковник, однако, категорически отрицал свою причастность. Его друзья тоже не верили, что он зашёл так далеко, и быстро разгадали, в чём дело: из зоны 51 кто-то украл имитаторы, которыми пользовались инопланетяне, 3 года назад захватившие базу Звёздных врат. Гадать, кому похититель продал имитаторы, не было нужды, и Сэм обратилось в агентство информации к агенту Баррету. В ходе тайного расследования подопечные Джека вновь проявили способности настоящих сыщиков, очень ловко найдя улику, которую подделать имитатором было нельзя: вычислив продавцов, которые продали винтовку якобы Джеку, друзья попросили другую винтовку, которую, по словам продавца, Джек так же брал посмотреть. Отпечатки пальцев принадлежали вовсе не полковнику О'Ниллу...

Джек на очередной рыбалке опять имел неудовольствие встретить Мейборна, который, традиционно, знал о событиях, связанных с Прометеем. Он сказал, что на планете, куда направлялись Симонс и гоаулд, есть Звёздные врата, просто злоумышленники знали, что Прометей захватить легче, чем базу Звёздных врат. Мейборна пришлось взять с собой, потому что только он знал, как открыть хранилище, которое, как оказалось, принадлежало не Древним, а Фёрлингам - ещё одной расе существовавшего некогда Альянса. Но Мейборн быстро доказал, что доверять ему по-прежнему не стоит, когда, прежде чем открыть портал, оглушил Z-пушкой Джека и Сэм. После чего прыгнул в таинственную дверь, но Джек успел прыгнуть вместе с ним. Они очутились в тихом, красивом и спокойном месте, не имея понятия, как выбраться из этого "рая". В свою очередь друзья не знали, куда они исчезли: гоаулд Ток'Ра облетел на своём корабле всю планету, но никаких признаков Джека и Мейборна не нашёл...

Российский ЗВ-отряд вернулся с очередного задания с молодым человеком, который жалобно просил помощи. Полковник Иванов сообщил, что на планете, где они были, Ниррти снова проводит свои эксперименты. Это человек - один из подопытных. Ему ничем не смогли помочь: вскоре клетки его организма были полностью разрушены, и от него осталась лишь большая лужа. ЗВ-1 с русскими вернулись на планету и нашли там обезображенных людей, которые отказались от помощи. Ниррти продолжала работы по созданию сверхчеловека, и эти люди могли управлять силой мысли. Один из них прочитал мысли Джека, что он хочет убить их богиню, и вся группа оказалась в плену. Явившаяся Ниррти решила их тоже сделать подопытными...

Генерал Хэммонд собрал в Пентагоне представителей 5 развитых стран мира, включая, конечно, Россию в лице Чекова, дабы, наконец, рассекретить программу Звёздных врат хотя бы для правительств этих стран. Конечно, все, кроме Чекова, были недовольны не только сокрытием программы, но и тем, что всё идёт под руководством США. Началась игра в шахматы между генералом Хэммондом и майором Девисом, и сенатором Кинси, который желал передать Звёздные врата под контроль агенства информации, в которой победу одержали генерал Хэммонд и майор Девис, когда участники встречи были поражены неожиданно появившимся Тором. Тор, невозмутимо поправляя Кинси, что он верховный главнокомандующий, сказал, что асгарды не придают особенного значения тому, с кем они будут работать, но он вполне доволен отношениями с первыми лицами базы. И сказал, что явился не только для этого, а ещё и для того, чтобы передать для Прометея оборудование щитов силового поля и оружие. На радость Хэммонда и Чекова остальные участники, то ли испугавшись, то ли восхитившись тем, что увидели, быстро согласились с Тором, что Звёздные врата в надёжных руках..

На планете, куда никогда не ступала нога человека, Джек нашел обрывок фотографии. Вскоре ЗВ-1 наткнулись на потерпевший крушение космический корабль и познакомились с оставшимися в живых пассажирами. Саманта предложила помочь отремонтировать корабль, но ситуация осложнилась, когда на корабль напали странные гуманоидные существа, вооруженные оружием пассажиров корабля. ЗВ-1 решили выяснить, почему эти люди пытаются любой ценой уничтожить тех существ...

Тилк почему-то стал жить в двух мирах, то и дело переходя из одного в другой. В одном он, как и прежде, член ЗВ-1, а в другой - обыкновенный человек, член пожарной команды, и все люди, с которыми связана или была связана его жизнь - тоже другие. Друзья по ЗВ-1 - это пожарная команда, в которой Джонас - Салага, т.е. стажёр. Его погибшая возлюбленная Шенок - это его подруга Шона, а Братак - их престарелый начальник Брей, на смену которому уже пришёл Джек. У Брея уже отказывала одна из почек, и Тилк решил отдать ему одну из своих. Но почка не прижилась, поэтому дни Брея заканчивались. К тому же Тилка в этом мире тоже преследовали видения: ему являлся Апофиз и даже Дениел Джексон в роли психолога.

Группа ЗВ-1 с испытателями Прометея вновь продемонстрировали, что ломать технику пока умеют больше, чем строить: во время полёта в гиперпространстве попали  в волну от взрыва звезды, в очередной раз нарушившую стабильность наквадрии. Джек вполне справедливо посетовал, что не хватило сообразительности взять запчасти, в то время как даже гоаулды в полёты берут с собой запасные кристаллы для гипердвигателей. Было решено рискнуть слетать на ближайшую планету, на которой, по расчётам, должны были быть Звёздные врата, и сходить домой через них, дабы принести вожделенные запасные детали для восстановления двигателей, а точнее, замены реактора, так как старый всё-таки пришлось выбросить, чтобы он не разнёс Прометей по всей Галактике... Но среди людей, населяющих планету, всегда найдутся те, кто настроен агрессивно, и мощный ядерный взрыв прямо на орбите планеты явно сеет недоверие к незваным гостям!

Во время экспедиции на новую планету, когда-то принадлежавшую Баалу, у Джонаса всё-таки проявились результаты эксперимента Ниррти: он начал видеть будущее. Жители же рассказали о древнем пророчестве, что через Звёздные врата придут люди и освободят их от Мота, слуги Баала, который наблюдает за добычей минерала. Помогать сделать это ЗВ-1 были вынуждены без Джонаса: способность видеть будущее сопровождалась растущей в голове опухолью, которая может привести к сдавливанию вещества мозга, от чего, понятное дело, можно умереть.  Пока Джонаса готовили к операции, он вдруг почему-то увидел, что ЗВ-1 и ЗВ-15 погибнут там в бою с джаффа Мота при отступлении к Звёздным вратам. А самое худшее, что ЗВ-15 успеет воспользоваться кодовым передатчиком, благодаря чему нападение на базу через открытую диафрагму застигнет всех врасплох, и джаффа даже успеют принести бомбу. Когда генерал Хэммонд всё-таки закроет диафрагму, будет уже поздно...

Вознесённый Дениел в очередной раз продемонстрировал, что просто смотреть на то, что происходит с дорогими ему людьми, выше его сил. Он узнал, что Анубис ищет глаз Ра - один из 6 артефактов, которые сделают их обладателя всемогущим. У Анубиса 5 таких, и в поисках глаза Ра он обшарил всё, кроме... Абидоса. Дениел был вынужден явиться к Джеку за помощью, дабы помешать Анубису завладеть артефактом. Но Анубис уже прилетел, когда друзья нашли глаз Ра. Вместе с ним они нашли каменную табличку с письменами Древних, которая стала первым упоминанием о Затерянном городе Древних, и Дениел попросил сохранить её во что бы то ни стало. Сам же предложил Анубису сделку: его друзья отдают артефакт, а Анубис оставит Абидос, в противном случае объединённый флот лордов Системы под командованием Ю атакует корабль Анубиса. Анубис согласился оставить Абидос и дать друзьям Дениела уйти, но вероломно нарушил обещание.