После блистательной победы над Анубисом герои решали, что делать дальше. Друзья Джека были озабочены одной мыслью: как помочь полковнику, для мозга которого единственным спасением стала камера для стазиса. И пока Элизабет Вейр, как дипломат, одновременно разбиралась по поводу найденного аванпоста, к которому мировые державы желали иметь доступ, друзья предложили отправиться на поиски Тора самим. Но доктор Вейр была вынуждена отклонить просьбу, так как Прометей был единственным кораблём Земли, и посылать его сейчас неведомо куда неразумно. Тем не менее, Сэм вспомнила о грузовом корабле, на котором друзья летали на Таонас, и о том, что Джек модернизировал его гипердвигатель, поэтому полёт в галактику асгардов был вполне возможен. Доктор Вейр согласилась отпустить Тилка и Сэм на поиски Тора, а доктор Джексон был вынужден остаться на базе, так как он один понимал язык Древних. К тому же от Системных лордов неожиданно поступило сообщение с предложением переговоров.

Явившиеся на базу Звёздных врат Ю, Аматэрасу и Камул были недовольны переговорами и собрались уходить - посовещаться со своими. Однако по указанию Дэниела в последний момент гости были арестованы: оказалось, что кто-то из них послал сообщение с заданием проверить, не блефуют ли жители Таури относительно оружия Древних, поэтому к Земле скоро прилетит корабль гоаулдов. Но вместо него появился корабль Тора "Дэниел Джексон", на борту которого находился так же и Тилк: после того, как репликаторы, возглавляемые Пятым, выбрались с Халы и достигли нового дома асгардов Ориллы, флот сереньких человечков уничтожил корабль Пятого, но блоки репликаторов упали на планету и продолжили своё дело. А Пятый продолжал удерживать в плену майора Картер. Поэтому Тору нужен был полковник О'Нилл с его знаниями Древних.

Пока обломки кораблей Анубиса продолжали летать на орбите Земли, МКС была вынуждена совершать манёвры уклонения, чтобы избежать опасных столкновений. Внезапно в станцию ударил необычный энергетический импульс, и связь прервалась. А на базу Звёздных врат вскоре после этого прибыл полковник российских ВВС Алексей Веселов, предложивший занять вакантное место в ЗВ-1, однако, генерал О'Нилл, конечно, отказал во всём, пока полковник не пройдёт соответствующую тренировку. Пока доктор Джексон приносил расстроенному полковнику извинения, начали происходить странные вещи: полковник Веселов оказался болен, а главное, не помнил, как оказался на базе Звёздных врат, а Дэниелом после контакта с ним овладело какое-то помешательство. Заподозрив инфекцию и эпидемию, Джек был вынужден закрыть базу на карантин.

Пока генерал О'Нилл привыкал к своему новому месту командира базы Звёздных врат, его бывшие подопечные не вернулись с разведываетельной миссии на одну из планет Анубиса, а после этого Баал продемонстрировал, что уже завладел некоторыми технологиями, когда его голограмма явилась на базу через Звёздные врата и потребовала отдать оставшегося на Земле Камула в обмен на якобы пленённых им членов Первого отряда.

Дэниел очнулся на незнакомой планете в постели красивой незнакомки: он был ранен, и незнакомка ухаживала за ним. Звездные Врата в этом мире так же стали яблоком раздора и причиной гражданской войны. Группа фанатиков, которые верят, что портал построен для возвращения Богов, свергла законное правительство и завладела Звёздными Вратами. Саманта с Тилком успели вернуться на Землю, а Дэниел – нет, и теперь его судьба зависит от лидера повстанцев - Сорена.

Тилк, Сэм и доктор Ли занимались испытаниями кресел, созданных Хранителем игр - героем 2 сезона. Уникальный аппарат, погружающий человека в виртуальную реальность, стал игровым симулятором, который охотно согласился протестировать Тилк. Храбрый воин в полностью виртуальном мире спасал базу Звёздных врат от гоаулда, сопровождаемого 3-мя суперсолдатами Анубиса. Всё было здорово, и единственное, на что Тилк посетовал - это лёгкость заданий, отмечая, что в реальной жизни всё гораздо сложнее. Поэтому Сэм и доктор Ли модернизировали программу, заставляя её обучаться благодаря сознанию самого Тилка. Однако это загнало бедного воина в смертельную ловушку: программа стала то и дело менять условия, и Тилк никак не мог предугадать следующий ход. А каждая его гибель не могла не воздействовать на его организм. Точкой выхода же программа воспользоваться не давала: следуя заданию, она прочитала из сознания воина, что настоящий Тилк никогда бы не сдался...

Тилк вышел "в люди" – ему разрешили пожить в настоящем доме, с настоящими соседями и с настоящими уличными хулиганами. Он наслаждается свободой, но реальная жизнь преподносит сюрприз за сюрпризом. И не только Тилку. Когда он вмешался в отношения своей соседки Кристы и её бывшего парня, того вскоре нашли мёртвым, и Тилка арестовывали по подозрению в убийстве. Его прелестную соседку похитили, Дэниела начали шантажировать неизвестные люди, а Саманта получает неожиданный подарок от Пита Шенахана.

Миллиардер Алек Колсон собрал пресс-конференцию и сделал заявление, что ряд земных правительств сговорились с целью сокрытия контактов с инопланетными цивилизациями. Более того, несколько месяцев назад чуть не уничтожили Землю. Он потребовал от правительств полного раскрытия, иначе через 24 часа он предъявит доказательства. Чтобы остановить Алека в ход пошли все средства: от уговоров до угроз. Уговорами по приказу Джека занялись Саманта с Дэниелом, а угрозами, по собственной инициативе, – нелегальная организация под названием «Доверие», образованная из тёмной части агентства информации. А у Алека наготове снимки битвы с Анубисом и клон тела асгарда, выращенный в исследовательской лаборатории. Как переубедить упрямого миллионера? Чем доказать, что мир не готов к такой правде?

Ишта - лидер женщин-джаффа - устала ждать окончания борьбы с гоаулдами и намеревалась начинать открытую войну с гоаулдом Молохом. Тилк и Братак пытались уговорить её воздержаться от выступления, пока не будет подготовлена массированная атака против всех гоаулдов, но Ишта осталась при своём. И нападение воинов Молоха на планету амазонок только добавило ей решимости. Тилк был не в лучшем настроении не только из-за этого, но и из-за намерения Раека жениться, хотя не всё было гладко даже у сына.

В одну из тихих и спокойных ночей ангар Звёздных врат на глазах сержанта Харримана и его напарника, когда те собирались пить кофе, озарил яркий свет, и Звёздные врата унеслись через потолок. Когда подполковник Картер изучила видеозапись камеры постоянного наблюдения, оказалось, что один из техников недавно что-то установил на портал, что, скорее всего, было маячком для телепорта асгардов. Пока Тилк, который и в этот раз оказался вне Земли - на встрече с мятежными Джаффа - вместе с сотрудниками базы Альфа начал находить в мирах гоаулдов следы атаки отравляющим газом для симбионтов, разработанным Токра в 5 сезоне, остальные вычислили, что похищение Звёздных врат как раз для использования ракет с отравляющим газом - дело рук членов "Доверия", которые завладели устройством Осириса, которым тот пользовался для телепортации во время своей последней миссии на Земле, и теперь скрывались на его Алкеше, который с тех пор в гордом одиночестве кружил вокруг планеты...

На базу Звёздных врат после установки входящего туннеля пришёл старый опознавательный сигнал подполковника Картер, которая в то время была на базе. И была получена просьба послать зонд. Друзья выполнили её, и увидели в камеру зонда двойника Сэм. Это была РеплиКартер - репликатор, созданный Пятым в конце 2-й серии. И РеплиКартер сообщила, что она обладает памятью подполковника Картер и хочет, чтобы друзья помогли ей умереть, намекая на созданный генералом О'Ниллом разрыватель. Друзья были немного удивлены столь необычным сообщением, и Джек после некоторых раздумий разрешил встретиться с РеплиКартер, но только на базе Альфа.

Асгарды завершили установку на Прометей нового межгалактического гипердвигателя, поэтому в связи с тем, что от экспедиции Атлантиса, отправленной в Затерянный город, не поступает никаких вестей, было решено отправиться в Пегас на Прометее. Корабль возглавил генерал Хаммонд, который, вопреки желанию Джека, забрал с собой доктора Джексона - его знания языка Древних всё-таки были очень нужны. Однако в пути экипаж получил сигнал бедствия, который оказался весьма дерзкой ловушкой, в результате которой корабль был угнан космической воровкой по имени Вала. Хулиганка, используя броню суперсолдата, на удивление легко управилась со всеми и почему-то так же легко сумела разобраться, как управлять кораблём.

Когда война между лордами Системы была в самом разгаре, и те повсеместно отступали к своим мирам, стало известно, что гоаулд Арес намерен вернуться на одну из своих старых планет, которая в 6 сезоне стала пристанищем бывшего полковника агенства информации Гарри Мейборна. Когда друзья отправились предупредить об этом отшельника, оказалось, что он действительно неплохо устроился в этом мире - хорошо быть... Королём! А стал он им, благодаря найденным около шахт наквадаха руинам с письменами Древних. Он научился их читать, и оказалось, что на них история этого мира, причём написано и будущее, которое рассказывает о возвращении угнетателей, от которых спасут люди из другого мира. И Мейборн был уверен, что эти люди - ЗВ-1. Дэниел сделал вывод, что Древние всё-таки освоили путешествия во времени, и доказательством тому стал обнаруженный в лесной чаще Прыгун, на котором и находилось устройство, которое предполагалось машиной времени.

К Джеку домой явился низвергнутый сенатор Кинси и, хотя Джек не желал его слушать, предложил помощь в борьбе с "Доверием", из которого его давно выгнали. Он сообщил, что те сейчас работают над ухудшением отношений России и США, и им нужно, чтобы Кинси встретился с российским генералом Киселёвым. С предложениями Кинси всё-таки согласились, но взять членов "Доверия" не удалось: те, видимо, разгадали замысел и исчезли вместе с Кинси. Дэниел отправился в Россию на переговоры, но был перехвачен российскими военными, которые взяли у него кровь на анализ: это было мерой предосторожности. Оказалось, что недавно один американец пытался убить генерала Киселёва, и им был некто иной, как Кинси, у которого ярко сверкали золотистым светом глаза...

Когда генерал О'Нилл в очередной раз появился у себя дома, он нашёл там простого парикмахера по имени Джо Спенсер в полном отчаянии и намеревавшегося за что-то рассчитаться с Джеком. Оказалось, что 7 лет назад он купил на распродаже симпатичную безделушку, прикоснувшись к которой... стал видеть Звёздные врата, ЗВ-1, генерала Хаммонда. И стал делиться своими видениями с друзьями и родственниками. Годы шли, а бедный парикмахер продолжал рассказывать жителям своего провинциального городка о приключениях ЗВ-1, пока его жизнь не рухнула, и гражданин Джо, уже не сомневавшийся, что то, что он видит, происходит на самом деле, разыскал того, кто, по его мнению, был всему виной - Джека.

Одну из встреч гоаулдов прервало появление РеплиКартер. Это стало очень плохим знаком: когда как раз в это время Тилк и Братак подняли восстание мятежных Джаффа, организовав повсеместное нападение на ложных богов по всей галактике, их тоже ждала неприятная встреча. Когда друзья вместе с ЗВ-1 проиграли бой с одним из кораблей Аматэрасу и были вынуждены телепортироваться на планету, чтобы бежать через Звёздные врата, они столкнулись с репликаторами. Дэниел был похищен репликаторами посредством телепорта, а на Землю явился Джейкоб с сообщением о том, что репликаторы начали масштабное вторжение в нашу галактику и гоаулды пока не в состоянии их остановить...

Пока РеплиКартер рвалась в сознание доктора Джексона и устремилась на Дакару, узнав о существовании там оружия Древних, способного остановить репликаторов, Джейкоб и Сэм нашли его, и им нужно было запрограммировать устройство, чтобы послать через Звёздные врата по всей галактике разрывающую волну. Для этого пришлось принять помощь Баала, подсказывающего, как открыть все Звёздные врата Млечного пути. Тем временем Тилк, Братак и остальные мятежные Джаффа продолжали битву с репликаторами, атакующими Дакару, равно как и генерал О'Нилл с остатками персонала базы Звёздных врат, которая так же была атакована насекомыми. Необходимое время для запуска оружия дал Дэниел, когда сам проник в разум РеплиКартер и на какое-то время активировал команду, заставившую всех репликаторов остановиться.

Многие герои сериала оказались на перепутье. Доктор Джексон оказался полувознесённым в залитом светом кафе Древних перед Омой Десалой, и ему предстояло решить, возноситься ли второй раз? Джек начал отношения с агентом ЦРУ Кэрри Джонсон, Пит Шенахан показал Сэм новый дом, в котором собирался жить с ней, однако, Саманта, крайне расстроенная ещё и неожиданной кончиной отца: Джейкоб уже 2 недели скрывал, что Сэлмак умирает - поняла, что не готова выйти за него замуж. И даже Ома Десала оказалась перед выбором: Анубис намерен сам завладеть оружием на Дакаре и уничтожить жизнь в галактике, а Ома не может использовать свою силу, чтобы остановить его. Свободные Джаффа же вместе с командованием базы Звёздных врат знают о замысле Анубиса, но не готовы уничтожить символ их победы...

Заканчивалась постройка нового космического корабля нового класса, названного именем героя мифов Древней Греции - "Дедал". На нём и планировалось всё-таки отправиться на Атлантиду, так как экспедиция Затерянного города очень нуждалась в этом. Вместе с этим произошло ещё одно печальное событие: скончалась одна из главных основателей проекта "Звёздные врата" Кетрин Ленгфорд, завещав всю свою библиотеку доктору Джексону. Исследуя её, Дэниел нашёл свидетельство об использовании в культе Ра некоего артефакта, который с виду очень напоминал МНТ. Однако со спутника обнаружить его в Гизе не удалось, поэтому Дэниел предложил использовать машину времени, найденную на планете Мейборна, чтобы отправиться в прошлое. Завладеть артефактом друзьям удалось, но воины Ра обнаружили Прыгун, а друзья посчитали, что лучше не выдавать своё присутствие и не пытаться отбить его. Оставили только видеопослание для себя и друзей в будущем, которое они, как и следовало ожидать, сильно изменили.

Странное послание из прошлого, тем не менее, помогло в альтернативном будущем найти вторые Звёздные врата и даже послать в первую экспедицию на Чулак пока не всё понимающих друзей, и те даже смогли повторить привлечение на свою сторону Тилка, используя полученное послание из прошлого. Апофис вынудил их отправиться в прошлое, чтобы исправить положение, хотя, удирая от гвардии Апофиса, друзья растеряли всех военных, включая майора Кавальского и Дэниела, которым завладел сам Апофис. Тем не менее, встретив в Древнем Египте доктора Джексона из старой реальности, им удалось исправить положение и помешать Ра забрать с собой Звёздные врата и модуль нулевой точки, восстановив нормальный ход событий в будущем, в котором друзья вернулись на свои места и завладели МНТ, который был очень нужен экспедиции Атлантиса, в преддверии путешествия Дедала.