В проекте "Звёздные врата" произошли изменения. После победы над гоаулдами и репликаторами генерал О'Нилл был повышен в звании и передён в Вашингтон, а вместо него командовать базой стал генерал Хэнк Лендри, Сэм перешла в зону 51 работать над некоторыми проектами, доктор Джексон получил разрешение отправиться в первый полёт Дедала в Пегас, чтобы присоединиться к экспедиции Атлантиса, а Тилк занимался делами Свободных Джаффа. Прибывший возглавить новую группу ЗВ-1 подполковник Кэмерон Митчелл был немного расстроен, так как ожидал, что будет работать с героями. Но отбытие доктора Джексона на Атлантиду было столь же предательски сорвано вновь попавшейся командованию на глаза "космической хулиганкой" Валой Мал Доран, которая весьма коварно заставила Дэниела остаться на Земле, нацепив ему и себе на руку специальные браслеты, действие которых мешало обладателям уходить далеко друг от друга. И попросила перевести каменную табличку с письменами Древних, в которой говорилось о короле Артуре, волшебнике Мерлине и сокровищах Авалона.

Когда Дэниел и Вала, Тилк и Кэмерон Митчелл в поисках мистических сокровищ оказались заперты в комнатах с опускающимися потолками, доктору Джексону удалось разгадать головоломки Древних. После боя Митчелла с голограммой рыцаря и выполнения всех заданий сокровища появились, словно по взмаху волшебной палочки. Среди найденных вещей было незнакомое устройство и камни, похожие на те, благодаря которым генерал О'Нилл и гражданин Джо видели жизнь друг друга. Любопытные друзья, даже не подозревая, какая опасность их ждёт, решили изучить устройство. Испытали его Дэниел и Вала, взяв по камню в руки и положив его на устройство. Результатом стало то, что их сознания оказались в другой галактике, в телах двух супругов. Благодаря Вале, незадачливые испытатели попали в беду прежде, чем сообразили, что здесь происходит, и кто эти Ораи, которым поклоняются местные жители?

После того, как свет посоха странного человека, называемого приором Орай, чудесным образом воскресил казнённую Валу, приор отвёл её и Дэниела в так называемый город Богов - Селестис - где представил их верховному жрецу, называемому досаем. Орай, которым он служил, оказались вознесёнными существами, которые требуют всеобщего поклонения низших существ. По сути они - собратья Древних. И они считали, что те, кто не верит, должны быть уничтожены. Когда Дэниел, напрасно пытавшийся переубедить досая, и Вала были возвращены в поселение, они вскоре оба были схвачены за сотрудничество с группой "еретиков", в которой состояли те, в чьих телах находились горе-исследователи, и теперь уже оба были приговорены к казни.

Когда Вала Мал Доран, понимая, что ничего из сокровищ Авалона она не получит, ей ничего не осталось, как покинуть Землю, не солоно хлебавши. Против ухода надоевшей воровки, которая несёт одни неприятности, никто ничего не имел, поэтому с ней расстались без всякого сожаления. Однако вскоре ей пришлось вернуться, так как даже после снятия браслетов ей и Дэниелу стало плохо: похоже, их действие ещё не кончилось, поэтому друзья были вынуждены отправиться на поиски тех, у кого Вала взяла эти браслеты.

Вала уговорила друзей посетить одну из планет, которая оказалось бывшим владением её симбионта Кетеш. Когда Вала переоделась, жители были очень рады возвращению своей богини, за которую приняли Валу. Дело было в том, что их мир уже посетил приор Орай, и жители надеялись, что Кетеш защитит их. Дэниел уговорил Валу сознаться, что она не Кетеш, а во время суда над обманщицей снова явился приор. Дабы оказать давление на непокорных жителей, приор распространил среди них ужасную чуму.

Группа Свободных Джаффа, воружённая энергетическими шестами, решительно топала к Звёздным вратам, где их ждал приор Орай. Лидер группы решительно заявил, что довольно с них уже ложных богов, поэтому приору лучше убраться восвояси, если хочет спасти свою жизнь. Однако приор заявил, что как бы то ни было, этот мир послужит цели орай, и воспользовался посохом. Джаффа открыли огонь, но приора и Звёздные врата окружило силовое поле, после чего все атакующие улетели за горизонт. А на Землю явился гоаулд-изобретатель Нерон, отличавшийся необыкновенной прожорливостью. Он рассказал о том, что делает приор на той планете Свободных Джаффа, и намекал, что у ЗВ-1 есть возможность помешать ему. Генерал Лендри отозвал подполковника Картер из зоны 51, но Вале что-то правильно подсказало, что Нерону нельзя доверять...

В Виргинии был сбит на дороге выскочивший из леса Джаффа, который имел такой же опознавательный знак, как у Герака. Дэниел и Сэм, которые предварительно обратили внимание на подозрительную компанию, имевшую завод недалеко от места происшествия и связанную с министерством обороны, отправились туда и узнали о недавнем исчезновении финансового директора. Тилк с подполковником Митчеллом отправились на Дакару распросить Герака и Совет об этом происшествии. Это стало накалять отношения со Свободными Джаффа, так как оказалось, что на Земле прячется некто иной, как... Баал!

Группа ЗВ-1 отправилась на поиски мифического племени Джаффа под названием Содан, 5000 лет назад бросивших вызов гоаулдам. Явившись на планету, друзья попали в засаду. Митчелл отправил остальных к Звёздным вратам, а сам остался отбиваться. Ему удалось сразить одного из нападавших Джаффа, но и сам храбрец проиграл битву и вскоре оказался в плену в этой загадочной деревне, окутанной туманом времени. Он должен выздороветь и обучиться специальному боевому искусству только для того, чтобы принять участие в ритуальной смертельной битве с братом убитого воина в расплату за пролитую кровь.

Подполковник Картер, взломав систему безопасности Звёздных врат одной из планет, которые были защищены кодом авторизации и направляли всех прибывающих на другую планету при его отсутствии, помогла ЗВ-1 попасть в этот мир, где друзья нашли лабораторию Анубиса с оборудованием Древних, и человека в стазисе, который, как оказалось, был создан Анубисом и обладал его генетической памятью. К тому же он может знать о процедуре вознесения и иметь сверхспособности. Недооценив опасность, военные и Комитет решили изучить его...

Пока Герак - лидер Свободных Джаффа, начинал склоняться к тому, чтобы принять Происхождение, чему упорно сопротивлялись Тилк, Братак и некоторые другие Джаффа, всё ещё испытывающие сомнения, после контакта с Приором на одной из планет распространяемая ими чума проникла на Землю. Военные достаточно быстро потеряли контроль над ситуацией, и эпидемия приобрела глобальный характер. Пытаясь помочь остановить смертельную болезнь, на Землю вернулся в образе мальчика один из поклонников Сэм Орлин, но ему всё равно было тяжело удержать необходимые знания. Параллельно Сэм и доктор Ли усиленно работали над созданием антиприорного устройства, позволяющего подавить сверхспособности приора, дабы взять у него образцы крови для работы Орлина.

Доктор Ли и подполковник Картер преуспели в создании антиприорного устройства и Дэниел с Митчеллом отправились с ним к воинам Содана, которых должен был посетить распространитель чумы. И пока Тилк и Братак искали способ остановить Герака, ставшего приором и склонявшегося к тому, чтобы уничтожить своих собратьев, которые отказываются принять Происхождение, доктор Джексон и подполковник Митчелл сумели нейтрализовать приора и взять у него образцы крови. Но оказалось, что со временем приор всё-таки преодолевает действие устройства, поэтому его пришлось убить, однако, приор успел заразить чумой самого генерала Лендри, лично явившегося поговорить с ним. А Орлин так и не сумел разработать вакцину. Когда ситуация уже казалась безнадёжной, на помощь всё-таки пришёл Герак...

На чужой планете подполковник Митчелл был ложно обвинен в жестоком убийстве. Однако его воспоминания подтверждали его вину. Друзья подозревали, что было применено устройство для перенесения памяти. Вопреки требованию Комитета продолжить переговоры, ведущие к технологическому сотрудничеству с этим миром, друзья решили во что бы то ни стало защитить Митчелла, доказав его невиновность и найдя настоящего убийцу.

Группа ЗВ-1 вернулась с очередного задания раньше ожидаемого срока. Их возвращению предшествовал необычный всплеск энергии, а сама группа явилась в чёрной форме, и сначала никто не обратил внимание, что друзья ушли в зелёной форме. Странности начались, когда Тилк заговорил о том, что они получили какую-то информацию от Сэлмака, хотя тот умер вместе с отцом Сэм в конце 8 сезона. Не успел генерал Лендри понять, что к чему, как через Звёздные врата вновь был получен сигнал ЗВ-1, и на пандус вышла ещё одна группа №1, теперь уже в зелёной форме. Когда обе Саманты пришли к выводу, что чёрная команда - это гости из параллельного мира, дверь из которого неожиданно открыли Звёздные врата, портал снова открылся, и через туннель снова пришёл сигнал ЗВ-1...

В Совете Джаффа на глазах обескураженных Тилка и Братака стали происходить странные изменения. Члены Совета один за другим стали высказываться против роспуска Совета и выборов новых лидеров. Пытаясь узнать, что происходит, Тилк отправился на Чулак поговорить с одним из своих соплеменников, и сам пропал. Братак, опасаясь уже доверять своим, обратился за помощью на Землю.

На Землю в обстановке секретности прибыл Джарод Кейн с планеты Тагалас. Оказалось, что и в этом мир уже являлся приор Орай и предложил протекторату Ранда технологическое превосходство над Каледонией за принятие Происхождения. Он начал поставлять им чертежи спутника, который поможет отомстить каледонцам за постоянные бомбардировки. Кейн, несмотря на то, что желал победы своей страны, предлагал уничтожить спутник. По чертежам, которые удалось раздобыть Кейну, Сэм решила, что спутник не обладает защитой, поэтому Прометей легко уничтожит его. Дэниел и Кейн вернулись на Тагалас, надеясь миром переубедить протекторат Ранда, а остальные отправились к планете на Прометее.

Члены ЗВ-отрядов наткнулись на одной из аграрных планет на кукурузу, которая оказалась наркотиком. Несмотря на сомнительность причастности орай к этому, группа ЗВ-1 была отправлена на разведку и выяснила, что кукуруза принадлежит уже известному им Люсианскому союзу - космической мафии. Когда сыграть наркоторговца ради встречи с местным владельцем полей Кэмерону Митчеллу не удалось, друзьям пришлось спасаться бегством. Однако побегу помешала кража Звёздных врат посредством телепорта асгардов прямо из-под носа убегавших.

Очередное задание группы ЗВ-1 было отменено в связи с прибытием на базу Звёздных врат членов Комитета во главе с Ричардом Вулси - лучшую группу базы было решено отправить в качестве эскорта высоких гостей на экскурсию по базе Гамма. Экскурсия была прервана чрезвычайным положением, вызванным инцидентом с жуками, уничтожающими посевы на планетах, посещённых приорами орай. Оказалось, что жуки могут поедать не только растительную, но и животную пищу, и опасны для человека. Не уследившие за опасными насекомыми, у которых оказались отличные способности для быстрого размножения, учёные не смогли удержать ситуацию под контролем, и вскоре вся база была оккупирована насекомыми. Несмотря на то, что группа ЗВ-1 собралась выполнять традиционную спасательную миссию, мистер Вулси не разрешил им этого делать, напомнив о цели, с которой их вообще сюда прислали: обеспечить безопасность членов Комитета.

Когда подполковник Картер долго работала над одним из артефактов, найденных среди сокровищ Авалона, устройство испустило яркий свет, и Сэм с вошедшим в лабораторию Митчеллом исчезли. Этот артефакт оказался устройством, который переносит человека в другое измерение, подобно Хрустальному черепу, найденному ЗВ-1 на Р7Х-377. Он называется Мантия Артура. Когда остальные с помощью Дэниела и камер наблюдения сумели понять, куда исчезли подполковники, с Содана пришло сообщение с просьбой о помощи: воинов атаковал враг, который использует похожее устройство маскировки.

Вала Мал Доран, которая действительно оказалась в галактике Орай после истории с супервратами, сумела с помощью подпольной группы добраться до коммуникатора Древних, посредством которого переместилась в тело Дэниела Джексона. Вести она принесла плохие: кроме того, что она замужем за воином Томином и ждёт ребёнка, который, по словам приора, воля Орай, она видела, что постройка огромных кораблей для Крестового похода уже подходит к концу, и армии Орай скоро отправятся в нашу галактику. Хотя сеанс связи был прерван разгневанным супругом Валы, она сказала много. Было ясно, что орай уже построили новые суперврата, поэтому все силы нашей галактики и даже асгардов были брошены на поиск гигантского кольца, а командование базы Звёздных врат было вынуждено форсировать поиск оружия Мерлина против вознёсшихся.

В поисках оружия Древних, которое создал Мерлин, группа ЗВ-1 оказалась в средневековой деревне на одной из планет. Деревня известна как Камелот, и там была хорошо известна легенда о короле Артуре, которая жива до сих пор, благодаря библиотеке, некогда принадлежавшей Мерлину. Друзья знали, что они должны войти в библиотеку, но согласно местной легенде, она охраняется Черным Рыцарем. Всякий, кто войдет туда - умрет. А между тем Свободным Джаффа удалось найти новые суперврата Орай, и все возможные силы: Хатаки Джаффа,  Люсианского союза, несколько кораблей асгардов класса "О'Нилл", а так же новые корабли Земли Одиссей и Королёв - стали стягиваться к супервратам, начиная подготовку к бою.