Молекулярный конструктор - устройство, которым пользовался Мерлин, чтобы создать Святой Грааль. Сама технология, судя по всему, встроена в хранилище знаний, найденное в лаборатории, где ЗВ-1 нашли самого Мерлина. Конструктор позволяет визуализировать объект и материализовать его из базовых молекул с использованием лучевой технологии Древних. С помощью этого конструктора Дэниел Джексон сумел воссоздать разработанный Мерлином Святой Грааль в несколько этапов, так как эта работа требует большой концентрации, и для этого нужен отдых.

Технология, по всей видимости, аналогична технологии асгардов, с помощью которой те создают материальные объекты. Известно, что первый "разрыватель" репликаторов был материализован Тором на корабле "Дэниел Джексон" на основе компьютерной модели, созданной сознанием полковника О'Нилла, пока тот ещё владел знаниями Древних. Этот способ создания предметов используется и на линейном крейсере флота Земли "Одиссее". Известные примеры применения молекулярного конструктора - события последнего эпизода "ЗВ-1", когда Первый отряд скрывался от луча головного орудия корабля Орай в поле ускорения времени, и полёт в родную галактику Древних в полнометражном фильме "Ковчег правды", когда конструктор был использован сотрудником Комитета для создания репликатора первого поколения.