Объединённый флот нашей галактики в финале предыдущего сезона потерпел скорушительное поражение в битве с кораблями орай. Были уничтожены большая часть кораблей Свободных Джаффа, а так же "Королёв", на котором перед последним ударом плазмопушек подполковник Кэмерон Митчелл отчаянно рвался в ангар 302-х. Подполковник Картер продолжала летать в космосе, и со временем, когда Митчелл, всё-таки успевший убежать с Королёва, сел в ангар уцелевшего Одиссея, Сэм удалось подобрать. А корабли орай между тем включили гипердвигатели и один за другим скрылись в гиперпространстве. На одном из них была Вала, которая родила дочку. Её тут же забрал приор, заявив, что она станет лидером армии орай. 

Пока миры Млечного пути один за другим терпели поражения, не находя ничего, что можно противопоставить мощи армии орай, Дэниел продолжал поиски Святого Грааля, который был единственной надеждой нашей галактики. В одной из книг Камелота доктор Джексон нашёл упоминание о планете Вагонбрей, на которую отправился Мерлин за Святым Граалем, и нашёл её координаты. Артефакта там друзья не нашли, зато попали в настоящее сонное царство: жители, похоже, уснули и больше никогда не проснулись. Эта болезнь начала охватывать и ЗВ-1, и её с большим трудом удалось победить. Тем не менее, Дэниел определил, что следы артефакта следует искать в базе данных Атлантиса. Между тем Вала, которую Крестовый поход невольно вновь привёл на базу Звёздных врат, должна была доказать, что заслуживает того, чтобы стать членом ЗВ-1, ибо генерал Лендри перед данной экспедицией весьма строго заявил: "Я сказал, идёт ЗВ-1! Вы никуда не идёте!" 

Изыскания предыдущей серии позволили, наконец, Дэниелу осуществить свою давнюю мечту, чему прежде дважды помешала Вала: совершить полёт в Затерянный город Древних! Единственное, о чём сожалел доктор Джексон, с восхищением созерцая через окно Одиссея возвышающиеся над водой башни Атлантиды и слушая приветствие Элизабет Вейр - это о том, что первая поездка проходит в немного жёстких условиях. Однако никто не имел ничего против того, чтобы Дэниел провёл в городе некоторое время и попробовал определить, где следует искать Святой Грааль. Остальным же предстояла другая миссия: Одиссей со Звёздными вратами должен был отправиться к ближайшей чёрной дыре, чтобы попытаться заблокировать суперврата Орай входящим туннелем из Пегаса. Для этого ответственного задания подполковник Джон Шеппард согласился отпустить на Одиссея своего подопечного - хорошо известного нам доктора Родни МакКея.

Оказалось, что поиском Святого Грааля заняты не только жители Земли. Пока Дэниел торчал в библиотеке Камелота, так как координаты Кастианы и Сагала, сообщённые Морганой, оказались тупиком, на Землю на алкеше прилетел набравшийся храбрости Баал, который утверждал, что он настоящий, а его клоны хотят его уничтожить. Более того, он уже знает, где найти оружие Мерлина. Ему нужно только поймать всех клонов. Коварному гоаулду решили и в этот раз довериться, и началась охота на Баалов. Однако все пойманные тоже говорили, что именно они настоящие. Бесконечные тесты и допросы не смогли ни выяснить ответ на этот вопрос, ни раскрыть очередной коварный план свергнутого властелина.